基因通常是由响应于细胞信号的蛋白因子打开或关闭的。最近关于  riboswitches（一些信使RNA  内的调控元素）的发现证明，RNA分子还能感知重要代谢物和控制基因的存在。两项结构研究为了解riboswitch系统提供了新线索。Serganov等人利用X-射线衍射确定来自大肠杆菌的一个riboswitch的三维结构，该riboswitch结合在其目标、即一种维生素B1衍生物上。这些发现显示了RNA是如何折叠形成一个适合其目标的形状、尺寸非常精确的袋子的，也显示了抗硫胺素（pyrithiamine）是如何通过欺骗该riboswitch来发挥作用的。这个结果为我们提供了一个设计以riboswitches为作用目标的抗细菌和抗真菌的化合物的新的药物设计策略。Montange  和  Batey解决了结合在S-adenosyl  methionine上的一个细菌riboswitch  RNA的结构。这一RNA复杂的折叠结构显示了该配体的结合何以导致下游区域的二级结构的改变，而这种改变又会阻止进一步的转录。