内元均位于tRNA反密码loop上。
▓☉ 第I类内元的拼接为5’-U↓……G↓-3’。有保守的P-Q-R-S互补序列。
▓☉ 内元中能与两个拼接点边界序列配对的一般序列为内部引导序列(IGS)。
▓☉ RNA酶P中的RNA为M1RNA,蛋白质为C5蛋白。
▓☉ 第Ⅱ类内元3’拼接点上游6——12bp序列保守,为PyPuPyPyTa*Py。
▓☉ 核基因mRNA的拼接点序列为5’-↓GU……AG↓-3’,内元3’端保守序列为PyXPyTPuA*Py。
▓☉ snRNA中仅UsnRNA的5’端序列能与mRNA前体的拼接点序列互补。
▓☉ 反式拼接的产物为Y型结构。
▓☉ 第I类内元的磷酸酯转移反应由鸟苷或鸟苷酸的亲核进攻引起,第Ⅱ类内元的磷酸酯转移反应由A*-2-OH发动,核基因mRNA内元的磷酸酯转移反应由A-2OH发动。
▓☉ tRNA均具有三叶草的二级结构和倒L状的三级结构,有五个主要的臂:携带氨基酸的接受臂、TψC臂、反密码子臂、双氢尿嘧啶臂(DHU)、附加臂。接受臂上有G•U配对,
▓☉ 3/4的tRNA只有3-5bp的附加臂,称第一类tRNA。其余含13-31bp的附加臂,称第二类tRNA。
▓☉ 无义密码子并非总是无义的,是稀有氨基酸如磷酸丝氨酸、硒半胱氨酸掺入肽链的正常途径。
▓☉ 配对的摇摆性完全是由tRNA反密码子臂loop的空间结构所决定的。
▓☉ 一组同功tRNA由同一氨酰tRNA合成酶催化而携带氨基酸。
▓☉ 许多抑制基因都是由含量低的少数tRNA基因突变而成。
▓☉ 氨酰tRNA合成酶与L形tRNA成内侧面结合,结合点包括:接受臂、DHU、反密码子臂。
▓☉ tRNA分子上决定携带氨基酸的区域称为副密码子(paracodon)。副密码子比密码子、反密码子更为古老。
▓☉ 氨酰tRNA合成酶与tRNA反应,参与校对的方式包括动力学校对、构象校对、化学校对。
▓☉ 真核生物的偏爱密码子差异比原核裁军生物要小一些。密码子使用的频率与胞内tRNA含量(tRNA丰度)呈正相关。相应于主要同功tRNA的密码子的使用频率几乎是最高的。
▓☉ 需要量少的蛋白基因中具有较多的与含有少量tRNA相应的密码子,用以控制该蛋白的合成速度。
▓☉ 在同一种tRNA所识别的几种同义密码子中,其使用频率也有明显的差异,这可能由密码子与反密码子的作用强度决定。
▓☉ 线粒体终止密码子有AGA、AGG、UAA、UAG。内部Met密码子有AUG、AUU,起始Met密码子为AUN(四个)。
▓☉ 根据摇摆配对学说,使用通用密码子的有机体至少需要32种tRNA分子。
▓☉ 线粒体tRNA在三维折叠方面和与其核糖体作用方面不同于细胞质tRNA。
▓☉ 密码早期进化过程中,采用RNY的自身互补形式。R为嘌呤核苷酸,Y为嘧啶核苷酸,N为任意核苷酸。
▓☉ 真核细胞中核糖体数目更多,其蛋白、RNA占总蛋白、总RNA的比例较原核细胞低。
▓☉ 原核细胞核糖体有55个蛋白,34个在大亚基中,21个在小亚基中。16SrRNA有10个甲基化位点,23S rRNA有20个甲基化位点。真核细胞核糖体有82个蛋白,49个在大亚基中,33个在小亚基中。18 SrRNA有43个甲基化位点,28S rRNA有74个甲基化位点。这些甲基化与核糖体RNA转录处理过程中的酶的识别有关。
▓☉ 原核生物核糖体小亚基RNA有26S、23S前体;大亚基RNA有43S、32S前体。
▓☉ 春日雷素与16SrRNA 3’末端的保守序列G-m26A- m26A结合。
▓☉ 位于30S亚基的作用位点有:mRNA结合位点、P位点。
▓☉ mRNA在两个密码子之间发生扭转,使两个tRNA从不同的方向与mRNA结合。mRNA对于核糖体的移动的本质是tRNA的移动。
▓☉ 真核生物的蛋白质合成的速度要低一些。
▓☉ 负责起始AUG识别的是tRNAfMet。负责内部AUG识别的是tRNAmMet。
▓☉ SD序列不完全相同,从而控制单位时间内起始复合物形成的数目,最终控制了翻译产物的数量。
▓☉ GTP同系物:GMP-PCP,其中,C代表连接αγ磷原子的是亚甲基。
▓☉ 黄霉素抑制EF-Tu的功能。甾酸霉素能使核糖体停在转位后的状态,是因为它稳定了EF-G、GDP与核糖体的复合物,使下一个氨基酸不能加到肽链中来。硫链丝菌素能抑制两种延伸因子的结合。
▓☉ Ts循环:延伸因子EF-Ts的作用就在于使使用过的EF-Tu•GDP能够转变为有用的形式EF-Tu•GTP。首先EF-Ts将GDP置换掉,生成结合的因子EF-Tu•EF-Ts。然后EF-Ts又被GTP置换出来生成EF-Tu•GTP,而EF-Ts又可以进行下一次循环。
▓☉ 没有一个tRNA 能与终止密码子作用,而是由特殊的蛋白质因子促成终止作用。
▓☉ 不管原核生物还是真核生物,释放因子都是作用于A位点,并且需要P位点被肽基-tRNA所占据。同样需要肽基的转移及把空载的RNA逐出核糖体。
▓☉ 如果两个AUG属于同一个阅读框,则形成两个长短不同的蛋白质。如果两个AUG位于不同的阅读框中,则合成两个完全不同的蛋白质。这样一来,一条mRNA可以合成两种蛋白质,因此称双功能mRNA。(bifunctional mRNA)
▓☉ 绝大多数真核生物基因表达过程中,总是识别第一个AUG,是由于真核生物tRNAiMet反密码子3’端的一个相邻碱基A的烷基化阻碍了它与AUG配对的摇摆性。
▓☉ 从昆虫到人类,泛素的氨基酸序列全部相同,这类基因大多是首尾相连的形式形成多基因家族,中间无任何间隔序列。
▓☉ 信号识别颗粒是小的RNA、蛋白质的复合体,其RNA为7SLRNA,有6种蛋白质。
▓☉ 可变表面糖蛋白(VSG)通过一种非蛋白质锚锚定于膜的表面,它是糖基-磷脂酰肌醇,其主体部分为磷脂酰肌醇,再通过己聚糖和乙醇胺的磷酸酯与蛋白质的羧端残基以酰胺键相连。
▓☉ 乙酰化主要发生在N末端的α-氨基、赖氨酸的ε-氨基;甲基化主要发生在α-氨基、ε-氨基及精氨酸的胍基及C-末α-羧基、ε-羧基;磷酸化主要发生在Ser-COOH 及Thr、Tyr-COOH;泛素化主要发生在α-氨基、ε-氨基;转氨基酸作用发生在N-α-氨基;多聚ADP糖基化主要发生在Arg-胍基;糖基化可通过N-糖苷键连接于Asn的酰胺键,也可通过O-糖苷键连接于Ser、Thr-OH的及Hyl、Hyp-OH,也可以通过S-糖苷键连接于半胱氨酸。
▓☉ 原核生物有三种释放因子,真核生物有一种释放因子。
▓☉ 正控制系统和负控制系统是按照没有调节蛋白存在的情况下操纵元对新加入的调节蛋白质的响应情况来定义的。负控制系统中的调节蛋白称为阻遏蛋白,正控制系统中的调节蛋白称为无辅基诱导蛋白。
▓☉ 负控制提供了一个万一保安机制,即万一调节蛋白失活,酶系统可以照样合成,只不过浪费一点而已,决不会使细胞因缺乏该酶系统而造成致命的后果。
▓☉ 细胞在获得任何调控机制之前,就应该具有使这些基因表达的能力。
▓☉ 在细菌中,同一代谢途径的所有酶的合成调控大多是一直的。
▓☉ 异丙基-β-D-硫代半乳糖苷(IPTG)有极强的诱导效应,而本身又不被分解,被称为安慰诱导物(gratuitous inducer)。
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