日前,美国食品药品监督管理局(FDA)、加利福尼亚大学戴维斯分校、安捷伦科技公司以及美国疾病控制与预防中心(CDC)联合宣布启动一项名为“10万基因组计划”的重大合作项目。该项目历时五年,旨在创建一个包含10万种食源性致病菌基因组的公共数据库,从而显著加速食源性疾病暴发时的细菌鉴定与溯源。
该计划将对约10万种重要的食源性致病菌(包括沙门氏菌、李斯特菌和大肠杆菌等)进行全基因组测序,并将测序数据存储于美国国立卫生研究院下属的国家生物技术信息中心(NCBI)的公共数据库中。该数据库将向全球开放访问,并提供能够快速鉴定病原体及其来源的检测方法。一旦发生食源性疾病暴发,这类检测有望在几天甚至几小时内启动公共卫生应对措施,而非传统的数周时间,从而大幅缩短响应周期,减少疾病传播和健康危害。
在项目实施中,测序工作将由加州大学戴维斯分校协调,具体由新成立的华大基因-加州大学戴维斯分校联合基因组中心执行。该校同时开放其收集的细菌样本库供研究使用。FDA将提供500多份已完成的沙门氏菌全基因组序列草图,以及数千份其他重要食源性病原体样本用于测序,并提供生物信息学支持;其科学家将在需要时指导项目并提供技术支援。安捷伦科技公司将提供专业知识、设备、仪器和资金支持加州大学戴维斯分校的测序工作。CDC将提供食源性疾病领域的专业知识、菌株供测序,以及项目所需的其他信息,其专家还将参与项目指导委员会。