来自加拿大多伦多大学和英国伦敦大学的研究人员采用了一种综合性整体蛋白质组分析方法，构建了包含3,006个人类可溶性蛋白之间多达13,993个高可信度物理相互作用的网络图谱。这项研究填补了科学家们对人类蛋白复合物了解的空白，为深入理解核心生物进程提供了重要信息。相关成果已发表在《Cell》杂志上。

研究团队由多伦多大学的Andrew Emili等三位蛋白研究专家领导，他们在蛋白质组学领域具有丰富的研究经验，其中包括构建酿酒酵母蛋白复合物图谱以及开发新型细胞蛋白质组学研究方法。

美国西北大学医学院的Sui Huang（未参与此研究）评价道：“这篇文章包含了大量的工作，系统地识别了人类细胞中可溶性蛋白之间的物理作用。研究团队创建了一个非常有用的数据库，科学家可以通过该数据库搜索体外和体内某种蛋白的相互作用。这是生物医学研究领域的宝贵资源。”

研究方法与发现

细胞过程通常依赖于蛋白质之间稳定的物理相互作用。尽管近年来在这一领域取得了一些进展，但科学家们对人类蛋白质复合物的组成仍知之甚少。为了填补这一空白，研究人员采用了一种综合性整体蛋白质组分析方法，通过色谱分离将培养的人类细胞分离为超过1,000份的生化组分，并利用定量串联质谱技术进行分析，最终构建了一个高可信度的蛋白相互作用网络图谱。

研究发现，该网络图谱中包含622个假定蛋白复合物，其中大部分与核心生物进程相关。研究还揭示了两个候选疾病基因以及未注释的蛋白作用机制。进一步分析表明，大型多蛋白组件更倾向于被注释和进化保守，而仅包含少量亚基的蛋白复合物则更可能在进化上较新。

蛋白质组学的复杂性与技术进展

关于蛋白质组学分析方法，美国巴克老年研究所的Bradford Gibson指出：“蛋白质组的复杂性是无限的。剪切变化、磷酸化修饰、蛋白表达时序变化、蛋白翻转以及蛋白相互作用等因素都增加了蛋白质组的复杂性。”尽管如此，现代高尖端技术的进步使科学家能够更好地解析细胞中的生物过程。

在蛋白质组学研究产品方面，赛默飞世尔的Thermo Scientific离子阱、三重四极杆和以Orbitrap为基础的质谱仪近期取得了重要进展。这些技术提高了大规模top-down蛋白质组学研究的信息量、同量异序标记方法的定量准确性、糖蛋白质组学效率，并加速了目标定量研究的步伐。

本研究的成果为未来的生物医学研究提供了重要的资源和工具，尤其是在探索人类疾病的分子机制和开发新型治疗方法方面具有重要意义。

（作者：张迪，来源：生物通）