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后基因组时代部分基因组计划介绍(3):国际人类基因组单体型图(HapMap)计划

2013-03-14 20:36 未知 未知 阅读 0
核心摘要: 本文介绍了后基因组时代的重要计划之一——国际人类基因组单体型图(HapMap)计划。文章阐述了HapMap计划的背景、目标、参与国家、两阶段战略以及主要成果。HapMap计划通过大规模SNP分型,构建了人类基因组单体型图,为全基因组关联研究(GWAS)提供了关键工具,推动了复杂疾病遗传易感位点的发现。文章还提到了计划二期在Nature上发表的高分辨率HapMap成果,准确度超过99%。

2 国际人类基因组单体型图(HapMap)计划

2.1 媒体评价 有媒体表示,HapMap计划标志着群体基因组学研究的开始。

2.2 HapMap计划概况

尽管任意两个不相关的人的DNA序列有99.9%是一致的,剩下的那0.1%由于包含了遗传上的差异因素而非常重要。这些差异造成人们罹患疾病的不同风险和对药物的不同反应。发现这些与常见疾病相关的DNA序列上的多态位点,是了解引起人类疾病的复杂原因的最重要途径之一。在这一需求下,国际单体型图计划经过3年的筹划,于2002年10月宣布这一计划的正式启动。由加拿大、中国、日本、尼日利亚、英国和美国等多国参加,各承担一定比例的SNP分型任务(加、中、日、英和美国分别承担10%、10%、25%、24%和31%)。

2002年10月6国参加的第一次战略会议就决定了HapMap两阶段的战略。第一阶段是针对非、亚、欧裔的270个DNA样品在全基因组范围以平均每5 000个核苷酸(5 kb)一个SNP的密度进行大规模SNP分型鉴定,构建5 kb单体型图。第二阶段是将HapMap的分型密度增至2 kb左右。HapMap计划的运作由各国代表组成的Steering Committee及其下属的若干工作小组负责执行实施。

于2005年10月,美国NIH负责人Francis Collins向全世界宣布一个拥有数亿数据的人类基因组单体型图已成功构建,这意味着HapMap计划的主要任务完成。至此,耗资1.38亿美元。

2.3 HapMap计划的后期工作和进展

HapMap计划二期(2005年11月~2007年10月,以二期成果刊登时间为划分节点):2007年10月,该计划国际协作组在Nature上发表了根据第二阶段数据构建的人类基因组的第二代HapMap:共发现了超过一千万的人类基因组的SNPs,完成了约310万SNPs在270个样品中的分型反应,HapMap的分辨率达到平均不到1 kb一个SNP,比预定计划超过100%,准确度达到99%以上。这一成果极大地推动了全基因组关联研究(GWAS)的发展,为复杂疾病(如糖尿病、高血压、精神分裂症等)的遗传易感位点发现提供了关键工具。

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