为了更好地了解新一代测序技术在国内的应用情况，以便为您提供更全面、更有用的信息，生物通在金秋十月开展了新一代测序技术有奖调查。在短短两周的时间内，我们收到了254份有效问卷。在此非常感谢读者们的积极参与，抽奖结果将于11月15日在生物通网站上公布。

在目前已开展新一代测序的参与者中，半数以上来自大专院校（包括中科院多个研究所），说明科研仍是新一代测序的主力军。而生物技术公司/制药公司的力量也不容小觑，占到20%以上。其余则是医院、政府机构。

在这些参与者中，大约70%的用户正在使用Illumina的测序仪，其中以HiSeq系统最多。另外20%的用户在使用Life Technologies的测序仪，包括Ion PGM、Ion Proton和SOLiD。其余的用户则在使用罗氏454或Pacific Biosciences的仪器。

转录组测序（RNA-Seq）和全基因组测序成为最受欢迎的测序应用。大约58%的参与者会使用NGS测序仪进行转录组测序，而全基因组测序紧随其后，达到45%。其他颇受欢迎的应用包括靶向重测序（28%）、甲基化研究（26%）、ChIP-Seq（25%）等。

随着新产品的不断上市，新一代测序仪的价格正在不断走低，不再成为研究中的主要门槛。那么，在仪器的使用过程中，最大的挑战是什么呢？69%的参与者认为，数据分析是最大的挑战。而22%的参与者将这一票投给了样品制备，只有9%的参与者选择了测序本身。的确，数据分析对于生物学家来说并不是强项，我们还需要不断充电，不断实践，才能胜任。

正是因为数据分析相当困难，四分之一的参与者选择将项目或部分项目外包给专业公司。而大多数人会选择第三方软件或厂家提供的软件进行分析。另外，有16%的参与者会自己写程序，用于数据分析。

对于测序中另一个有待改善的方面——样本制备，超过六成的参与者认为时间应缩短，流程应简化。此外，参与者也盼望自动化工具的出现，能够处理FFPE样品，甚至不需要扩增。

总的来说，新一代测序仪的用户希望测序质量提高（包括读长、通量），使用成本降低，有更多的分析工具可以使用。