为了更好地了解新一代测序技术在国内的应用情况，生物通在金秋十月开展了新一代测序技术有奖调查。在短短两周内，我们收到了254份有效问卷。感谢读者们的积极参与，抽奖结果已于11月15日在生物通网站上公布。

在目前已开展新一代测序的参与者中，半数以上来自大专院校（包括中科院多个研究所），说明科研仍是新一代测序的主力军。生物技术公司/制药公司占20%以上，其余为医院和政府机构。

约70%的用户使用Illumina测序仪，其中HiSeq系统最多；20%使用Life Technologies的测序仪（包括Ion PGM、Ion Proton和SOLiD）；其余使用罗氏454或Pacific Biosciences仪器。

转录组测序（RNA-Seq）和全基因组测序是最受欢迎的应用，分别有58%和45%的参与者使用。其他应用包括靶向重测序（28%）、甲基化研究（26%）、ChIP-Seq（25%）等。

随着新产品上市，测序仪价格不断走低，不再是主要门槛。那么，最大的挑战是什么？69%的参与者认为是数据分析，22%认为是样品制备，仅9%认为是测序本身。数据分析对生物学家来说并非强项，需要不断学习和实践。

由于数据分析困难，四分之一的参与者选择将项目外包给专业公司；大多数人使用第三方或厂家提供的软件；16%的参与者自己编写程序进行分析。

对于样本制备，超过六成的参与者认为应缩短时间、简化流程，并盼望自动化工具的出现，能够处理FFPE样品，甚至无需扩增。

总的来说，用户希望测序质量提高（包括读长、通量）、使用成本降低，并有更多分析工具可用。