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RNA折纸术与纳米孔技术精准测量ALS等疾病基因重复序列,破解90%漏诊难题

2026-05-27 12:39 Sarah Collins University of Cambridge 阅读 0
核心摘要: 剑桥大学领导的研究团队开发出一种名为“RNA折纸术”的创新基因组诊断技术,通过将脆弱的RNA分子折叠成稳定的纳米结构,并利用纳米孔传感器进行电信号检测,实现了对重复扩增序列的精准测量。该技术分辨率高达18个核苷酸,能够清晰区分健康组织与疾病状态阈值,仅需极微量临床样本即可完成检测。重复扩增疾病(如肌营养不良症、亨廷顿病和肌萎缩侧索硬化症)影响全球约1/280人口,但因缺乏快速、经济的检测手段,高达90%的患者未被确诊。该研究发表于《自然·通讯》,由剑桥大学衍生公司Cambridge Nucleomics推

在基因组医学领域,一项革命性的诊断技术正试图填补一个巨大的临床空白:重复扩增疾病(repeat expansion disorders)的精准检测。这类疾病包括肌营养不良症、亨廷顿病和肌萎缩侧索硬化症(ALS)等,其共同特征是基因组中特定短串联重复序列(short tandem repeats)异常扩增,远超正常长度,从而破坏细胞功能。然而,由于现有检测技术的局限,全球约90%的此类患者至今未被确诊。近日,剑桥大学卡文迪什实验室的研究团队在《自然·通讯》(Nature Communications)上发表了一项突破性研究,他们利用“RNA折纸术”结合纳米孔传感技术,实现了对重复扩增序列的极高分辨率测量,为这些疾病的快速、精准诊断开辟了新路径。

RNA折纸术:将脆弱分子转化为稳定纳米结构

传统DNA测序和聚合酶链式反应(PCR)在检测重复序列时存在严重缺陷。PCR在扩增过程中会扭曲重复区域的真实长度,而新一代测序技术则在高重复区域频繁出现系统性的读取错误。正如论文第一作者Gerardo Patiño-Guillén所言:“RNA在揭示疾病信息方面极具价值,但它极其脆弱且难以研究。现有技术是为DNA设计的,往往会丢失RNA中携带的疾病信号。我们希望解决这个问题。”研究团队与塞尔维亚贝尔格莱德大学合作,创新性地利用短DNA链作为“结构钉”,将脆弱的RNA分子折叠成稳定、高度可预测的几何形状——即RNA折纸结构。这些纳米结构随后被引导通过一个微小的玻璃纳米孔。当结构通过时,会阻断基线电流,产生一个与RNA形状及重复次数精确对应的电信号模式。这种“电信号条形码”使得研究人员能够直接读取重复序列的长度。

18核苷酸分辨率:从健康到疾病的精确分界

该技术的核心优势在于其极高的分辨率——仅18个核苷酸。这意味着它能够区分仅相差几个重复单位的序列,这对于临床诊断至关重要。例如,在强直性肌营养不良1型(DM1)中,DMPK基因约50次重复是成人轻度肌营养不良的阈值,但任何进一步的增加都会显著提高严重先天性形式的风险。而在先天性中枢性低通气综合征中,仅6次重复的差异就能决定新生儿是拥有正常呼吸控制,还是在睡眠中遭遇致命的呼吸衰竭。Patiño-Guillén强调:“我们的合作者之所以感兴趣,一个关键原因是我们只需要极微量的RNA就能获得良好结果。”这种对微量样本的兼容性,使得该技术特别适用于临床中往往只能获取少量患者材料的场景。研究团队成功检测并区分了与DM1、DM2及先天性中枢性低通气综合征相关的疾病相关重复长度,并在DM1人类细胞系模型中验证了其在复杂生物样本中的有效性。

从实验室到临床:商业化前景与挑战

尽管该技术在实验室环境中取得了令人瞩目的成果,但距离常规临床应用仍有距离。目前,该平台主要作为一种高度精准的靶向工具,而非大规模替代基础PCR检测。其即时优势在于为临床医生提供快速、有针对性的检测,特别是对于已知携带重复扩增疾病的家庭,或需要紧急诊断的病例。由资深作者Ulrich Keyser教授共同创立的剑桥大学衍生公司Cambridge Nucleomics,正致力于将该技术工程化为商业诊断平台。下一步的关键是扩展系统,使多个纳米孔并行运行,以达到常规诊断所需的速度。Patiño-Guillén展望道:“我们拥有一个非常强大的分子平台。我们对它在受控样本中的表现充满信心。下一个挑战是证明它在临床材料中同样有效。”从长远来看,该技术还有望用于监测未来几年即将获批的疾病修饰疗法的疗效,为重复扩增疾病患者提供从诊断到治疗监测的全链条精准医学支持。


Journal Reference:
Gerardo Patiño-Guillén, Jovan Pešović, Marko Panić, Max Earle, Anastasija Ninković, Sergiu Petrușca, Dušanka Savić-Pavićević, Ulrich F. Keyser & Filip Bošković. “Quantification of disease-associated RNA tandem repeats by nanopore sensing.” Nature Communications, 2026. DOI: 10.1038/s41467-026-72819-5
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