西奈山伊坎医学院的研究人员开发了一种新的生产平台，用于生产有益肠道细菌的靶向混合物，这种方法有助于扩大基于微生物组的治疗的可及性。这项发表在《自然-微生物学》杂志上的研究，将一种含有4种或6种细菌菌株（均为厚壁菌门成员，如普拉梭菌（Faecalibacterium prausnitzii）和霍氏真杆菌（Eubacterium hallii））的工程化细菌联合体，与粪菌移植（FMT）在复发性艰难梭菌感染（rCDI）患者中进行了比较。该研究纳入的患者规模为数十人。在8周后，接受细菌联合体的患者与接受粪菌移植的患者在治疗成功率（定义为腹泻消退且无复发）方面没有显著差异（80-90% vs. 80-90%）。该研究还发现，接受细菌联合体的患者粪便中的丁酸盐（一种由肠道菌群产生的短链脂肪酸）水平显著升高，并且肠道通透性（通过异硫氰酸荧光素-葡聚糖渗漏试验评估）得以恢复。这种工程化细菌联合体有望取代粪菌移植，成为治疗复发性艰难梭菌感染的一种更标准化、更安全、更可扩展的替代方案。
艰难梭菌感染
艰难梭菌（C.diff）感染影响美国每年约50万人。其风险因素包括：近期使用过抗生素（克林霉素、氟喹诺酮类、广谱头孢菌素）、住院（尤其是在长期护理机构）以及年龄≥65岁。复发性艰难梭菌感染（rCDI）发生在初次艰难梭菌感染后，即使在完成抗生素治疗后（万古霉素或非达霉素），症状仍会复发。粪菌移植（FMT）是将来自健康供体的粪便样本通过结肠镜或灌肠剂输注到患者的结肠中。其目的是恢复肠道微生物组的多样性，并填补艰难梭菌感染后留下的生态位。粪菌移植在治疗复发性艰难梭菌感染方面的成功率为80-90%。然而，粪菌移植也存在局限性，包括传播耐药菌（如耐万古霉素肠球菌（VRE））或粪便中携带的其他病原体（如沙门氏菌、志贺氏菌）的风险，以及缺乏标准化（粪便成分因供体而异）。
工程化细菌联合体
该研究使用了一种含有4种或6种细菌菌株的联合体，这些菌株均属于厚壁菌门（包括普拉梭菌（F. prausnitzii）、霍氏真杆菌（E. hallii）、直肠真杆菌（E. rectale）、长双歧杆菌（B. longum）等）。这些菌株是在无菌条件下通过发酵罐生产的（不含任何其他细菌或病毒）。这种工程化细菌联合体通过结肠镜或灌肠剂输注。
主要发现
1. 临床疗效
在8周时，接受细菌联合体的患者与接受粪菌移植的患者在治疗成功率（定义为腹泻消退且无复发）方面没有显著差异（80-90% vs. 80-90%）。
2. 肠道微生物组重建
接受细菌联合体的患者，其粪便中普拉梭菌（F. prausnitzii）和霍氏真杆菌（E. hallii）的丰度（通过16S rRNA测序评估）显著增加。接受细菌联合体的患者，其粪便中的丁酸盐水平也显著升高（2-3倍）。
3. 肠道屏障功能
接受细菌联合体的患者，其肠道通透性（通过异硫氰酸荧光素-葡聚糖渗漏试验评估）得以恢复。
临床意义
1. 粪菌移植的替代选择
对于那些因免疫抑制（如器官移植后）或存在胃轻瘫而无法接受结肠镜或灌肠剂的患者，以及那些不愿接受粪菌移植的患者，工程化细菌联合体提供了一种更安全的替代选择。
2. 标准化
与成分因供体而异的粪菌移植不同，工程化细菌联合体是在无菌条件下生产的，因此具有确定的成分（这使其更容易获得美国食品药品监督管理局（FDA）的批准）。
未来方向
-
III期临床试验：开展一项大规模的III期随机对照试验，将细菌联合体与安慰剂（而不是粪菌移植）进行对比。
-
口服制剂：开发一种口服剂型的细菌联合体（以冻干粉末或肠溶胶囊的形式），这样就不需要进行结肠镜或灌肠剂输注了。
-
溃疡性结肠炎（UC）：在溃疡性结肠炎患者中，测试这种细菌联合体作为维持治疗的疗效。
结论
这项发表在《自然-微生物学》上的研究表明，一种含有4种或6种细菌菌株的工程化细菌联合体，在治疗复发性艰难梭菌感染（rCDI）方面，其疗效与粪菌移植（FMT）相当（成功率80-90%）。 与粪菌移植相比，工程化细菌联合体具有标准化（成分已知）和更安全（不存在传播耐药菌或病原体的风险）的优势。这些发现支持进一步开展更大规模的临床试验。