家犬的起源和驯化一直是进化生物学领域争议不断的科学问题。2015年，Shannon等人通过分析大量家犬群体的全基因组DNA芯片数据，提出了家犬中亚起源的假说（Shannon LM, et al. 2015. PNAS）。然而，中国科学院院士、中国科学院昆明动物研究所研究员张亚平研究团队发现，该结论与基于全基因组重测序数据分析的家犬东亚南部起源模式（Wang GD, et al. 2016. Cell Res）相冲突。为此，研究人员对Shannon等人的工作进行了重新梳理，结果发现Shannon等人将尼泊尔和蒙古都划归到中亚，这与传统的地理划分相悖；此外，该工作中并未包含中国南方这一家犬可能起源地的群体。通过整合已发表的中国南方家犬群体的数据，分析结果显示中国南方的家犬群体拥有最小的连锁不平衡距离，支持中国南方而非尼泊尔和蒙古是家犬的起源地。相关工作于近日在线发表于国际刊物PNAS，王国栋为第一作者，张亚平为通讯作者。该工作得到了牛津大学教授Greger Larson和Laurent Frantz博士的帮助。

家犬的线粒体DNA（mtDNA）在分子法医学研究中日益受到重视。2015年，三个研究组分别基于线粒体DNA基因组序列构建了家犬mtDNA的单倍型类群树（Peng MS, et al. 2015. Mol Ecol Resour; Duleba A, et al. 2015. Forensic Sci Int Genet; Fregel R, et al. 2015. Mitochondrion）。由于采用了不同的参考序列和数据集，三棵单倍型类群树在世系命名上存在冲突，很可能对后续研究产生干扰。为此，张亚平研究团队和生命条形码南方中心开展了合作。研究人员对三棵单倍型类群树进行了详尽的比较分析，对存在的世系命名冲突进行了协调。通过整合新发表的线粒体DNA基因组数据，研究人员还将DomeTree中家犬和灰狼单倍型类群树进行了更新。相关工作发表于国际法医学刊物Forensic Science International: Genetics，宋娇娇（安徽大学联合培养硕士生）和王文智为共同第一作者，彭旻晟和张亚平为共同通讯作者。

以上工作得到了国家自然科学基金重大研究计划“微进化过程的多基因作用机制”集成项目、科技部“973”计划和中国科学院重大突破专项的支持。