由于化肥农药零增长政策、政府补贴力度加大、农民对生物有机肥认识的改变以及提高种植业产品品质等因素，生物有机肥迎来了前所未有的发展机遇，生物有机肥生产队伍初步形成。生物有机肥对提高农产品质量作用最明显，保持土壤健康最长久，可满足农业持续发展的生态需求，是农业废弃物资源化的有效途径，资源消耗少，成本最低廉。

生物有机肥对土壤的保健作用体现在保水、保肥、保温、保气（不板结，不沙化，无盐碱）等方面，并提供完善的植物营养成分（必要的化学元素、含碳小分子活性物质）和完善的土壤生态结构。可利用微生物解决土壤重金属超标问题。减少农田重金属总量是一个漫长且耗资的过程，土壤重金属不能降解，但可以利用微生物进行活化。微生物在活化矿质营养元素的同时，存在活化共生重金属的可能，微生物可以吸附与钝化土壤中的重金属，从而减少植株中的重金属含量。

检测生物有机肥的质量，最简单直观的方法是感官测定：深咖啡色、无臭、带有泥土味的即为质量合格。另一种简单方法是盛水玻璃杯检测法：将肥料放入水中，上层漂浮物越多、下层沉淀物越少越好，中层为透明咖啡色。

生物有机肥料行业目前也存在问题。企业方面，菌种生产企业与肥料生产企业脱节、与化肥企业缺少协调发展的结合点是行业难点，导致生物有机肥产品质量参差不齐。