IBM刀片服务器集群推动生物信息研究

用蓝色基因抵御禽流感？  http://www.biotech.org.cn/news/news/show.php?id=29113

IBM将聚全球电脑用户之力推动艾滋药物研发  http://www.biotech.org.cn/news/news/show.php?id=28772

IBM与在港首个伙伴香港大学合力破解科学难题  http://www.biotech.org.cn/news/news/show.php?id=27014

借助“蓝色基因”IBM致力挺进生命科学产业  http://www.biotech.org.cn/news/news/show.php?id=26680

“蓝色天空”研究计划抢占科技高地  http://www.biotech.org.cn/news/news/show.php?id=26087

IBM超级计算机支持尖端纳米技术和环境研究  http://www.biotech.org.cn/news/news/show.php?id=24251

IBM蓝色基因超级计算机可模拟人脑工作  http://www.biotech.org.cn/news/news/show.php?id=24098

IBM推出医疗与生命科学行业转型六项重大举措  http://www.biotech.org.cn/news/news/show.php?id=23259

IBM携手长春藤名校  向癌症“开刀”  http://www.biotech.org.cn/news/news/show.php?id=19585

“IBM网格”：全球福利？世纪病毒？  http://www.biotech.org.cn/news/news/show.php?id=19537

超级计算机顶万人，研制新药15年减至14个月  http://www.biotech.org.cn/news/news/show.php?id=19554

IBM呼吁全球网民利用闲置电脑破解绝症基因  http://www.biotech.org.cn/news/news/show.php?id=18874

IBM向日本销售Blue  Gene/L  用于蛋白质研究  http://www.biotech.org.cn/news/news/show.php?id=17221

纽约大学采用IBM刀片式服务器研究蛋白质  http://www.biotech.org.cn/news/news/show.php?id=13381

近日，纽约州立大学设在布法罗的生物信息卓越研究中心（Center  of  Excellence  in  Bioinformatics）宣布，采用IBM提供的超级计算机系统提高科研计算能力。该系统由266片BladeCenter  HS20刀片服务器集群和7台x  345服务器组成，并运行Red  Hat  Linux  9.0操作系统。这一系统提供了每秒钟1.32万亿次浮点运算的最高性能，帮助科学家们提高了研究效率。通过易于使用的系统管理工具，新的超级计算系统减少了研究中心的系统宕机时间，降低了IT管理成本并改善了资源的分配。

纽约州立大学的生物信息卓越研究中心主要通过在分子水平上进行生物数据建模的高性能计算技术，来进行基因组、蛋白质、生物成像和药物科学方面的研究。研究中心管理层希望提高中心的计算速度，增加存储容量并提高系统的可靠性。他们希望能够找到一家可以提供高性价比的超级计算解决方案的供应商，并要求它在提供优异支持和可靠系统集成方面拥有良好声誉。

中心主任Jeffrey  Skolnick教授和他的评估团队向8家供应商征求方案，其中包括IBM、Sun、Dell和HP。虽然中心的预算有限，但关注的并不仅仅是成本问题，可靠性和供应商的响应速度同样也是中心考虑的重要事项。Skolnick教授解释说：“我们需要一家能够负责修复任何集群故障的供应商。IBM为我们提供了单点联络并实现了他们的承诺。”

在经过对多家供应商进行评估，以及广泛的基准测试和检测之后，中心管理层选择了IBM提供的方案，由266个BladeCenter  HS20存储服务器组成的集群，在它之上运行Red  Hat  Linux操作系统。这一解决方案在测试期间的完美运行是IBM从竞争中脱颖而出的主要原因。IBM在3周内安装了一个测试系统并投入运行。测试系统包括7台x系列345服务器，连接到5TB的存储系统，由一个通用并行文件系统和Extreme集群管理工具箱（xCAT）系统管理软件支持。

新的IBM超级计算机集群的最高性能超过了每秒钟1.32万亿次浮点运算，能够可靠地处理中心内部开发的各种应用和密集计算。新系统的速度远远超过原来的系统。Skolnick  教授表示：“IBM的超级计算机提供了我们大幅改进蛋白质结构和功能预测研究所需要的性能。可管理性的显著提高和基础设施的简化允许我们将工作重点放在寻找致命疾病的病因和开发治疗这些疾病的新药物上。”

自这台IBM超级计算机完成部署以来，中心系统的故障次数减少了，使得科学家们能够进行更多的计算和可视化建模。另外，这一IBM超级计算机还简化了IT系统的支持工作。以前，当一个硬盘驱动器发生故障时，为对这一故障进行诊断，中心需要检查大量机架上的红灯指示，或将一个监视器插入到2000个节点，并且一次只能插入一个节点中，显然，这是一项令人沮丧和费时的任务。利用内置的BladeCenter管理工具，IT人员可以使用系统软件来诊断故障并对集群进行远程管理，从而减少宕机时间和提高IT效率。Skolnick教授表示：“由于集群更多的时间可以正常运行，科学家们在同样的时间内可以完成更多的科研任务。”

IBM  BladeCenter集群所消耗的能源和散热大大少于以前的系统，帮助中心降低了运营成本。在占地空间受到限制的情况下，刀片配置允许在同样大小的区域内部署更多的服务器，同时还可以简化系统配置并预留增长的空间。Skolnick教授总结到道：“目前看来，我希望我们不久将会再次进行扩展，我断定我们将会继续采用BladeCenter系统来进行扩展。” (责任编辑：泉水)

搜索

热门标签:

IBM刀片服务器集群推动生物信息研究