根据科技部2011年4月2日发布的国科办[2011]20号文件，微生物代谢国家重点实验室（上海交通大学）正式获准立项建设。该实验室由中国科学院院士邓子新教授领衔，汇聚了一批优秀的中青年科研骨干，拥有一流的科研设备与条件。实验室在DNA硫化修饰、抗生素组合生物合成、重要环境污染物分解、生物合成与分解调控机制等研究领域取得了一系列具有国际影响力的成果。

实验室以微生物代谢途径的揭示与改良为目标，开展全方位的基础与应用基础研究，包括微生物菌种筛选、代谢产物发现与鉴定、代谢基因克隆、生化和调控机理解析、新型代谢物设计与组合生物合成、分解代谢互作以及代谢产物的生物效应评价等。研究特色鲜明，定位准确，形成了微生物合成代谢、微生物分解代谢、微生物代谢互作三个相互联系、互为依托的研究方向。

微生物代谢国家重点实验室的立项建设，将促进微生物代谢领域的基础理论突破和我国相关微生物产业的发展，同时有力推动上海交通大学相关生命学科的整合与发展，加快建立国际一流的微生物学科，并推进生物化学与分子生物学、遗传学、生物工程、生物信息学等学科的交叉融合，形成整体学科优势。