Winplas 2.7--一个质粒绘图的专业软件

Winplas 2.7

Winplas作为一个质粒绘图的专业软件，功能强大，而且极易上手，它可以绘制出具有发表质量的质粒图谱。可广范应用于论文、教程的质粒插图，它的特性包括：
1，  无论是否知道质粒的原始序列都能绘制质粒图，像Vector NTI等综合软件也能绘制质粒图，但有一个前提就是首先得知道质粒得原始序列；
2，  可读入各种流行得序列格式文件，能方便地导入各种序列信息；
3，  可自动在识别序列中的限制性酶切位点；
4，  可对序列进行各种编辑，如：从文件插入序列、置换序列、序列编辑、部分序列删除等
5，  绘图功能强大，如：位点标签、任意位置文字插入、生成彩图、线性或环形质粒图谱，可输出到剪贴板或图像文件。

一，在不知道序列结构时绘制质粒图：
1，  点击File菜单中地New命令，出现一个MapView窗口，同时工具栏中地绘图命令显亮。
2，  点击“Insert”菜单中的“Blank Seqment”命令，出现一个“Create New Plasmid”对话框。
－在Title栏中填入质粒名称，如pUC18。
－在Base Pairs栏中填入质粒大小，如3000。
－在Type单选框中设制质粒图谱为线型还是环形。
3，  点击OK后，在Map View窗口就会出现一个圆环，其中有质粒名称及质粒大小。
4，  下面的工作就是向圆环上添加文字描述、标记及弧。
①点击“Insert”菜单中的“Text”命令，或直接点击工具栏中的“Text”按纽，出现“Edit Text object”对话框。
－在“Text”书签中填入“Text”的内容，如：This is PUB 18’s map，选择左右对齐及居中。
－选定相应字符可以加黒、斜体等。
－在Font书签中改变字体格式、大小及颜色。
－文字就出现在Map View窗口中，使用鼠标左健，就可以随意拖动其位置。

②点击“Insert”菜单中“Maker”命令或直接点击工具栏中的“Maker”按钮，出现”Edit Maker Object”对话框。
－此时，在Maker书签中的Base Pair填入添加Maker的位置，如800。
－在Label栏中，填入Maker的名称，如HindⅢ。同样可以改变HindⅢ的字体样式：加黑，斜体等。
－同样在Font书签中可以改变字体的样式、大小及颜色。
－点击OK，则在圆环800bp的相应位置出现HindⅢ的标记。

③点击“Insert”菜单中“Arc”命令，弹出”Edit Arc Object”对话框。
－在Arc书签中的Base Pair栏中，填入Arc的起始位置，如1000。
－在Length栏中填入Arc的长度，如400。在Label栏中填入Arc的名称，如Amp。
－在Arc Style书签中，首先确定该Arc是否有箭头以及箭头的方向。分别对应none, 5’→3’,3’→5’,及双向。
－通过Width来确定Arc的宽度
－也可以调节箭头与Arc径宽度的比值
－改变填充样式以区分不同的Arc;改变Arc的颜色;同样也可以改变字体的样式、颜色等
－点击OK，则在图谱中1000－1400bp位置出现一个Arc，名称叫Amp。

5.相同的道理，我们可以随意加入其它的文字，标记及弧。下面，我们对初步得到的图谱进行编辑：
—对于任何一个项目，如需要修改，我们只需用鼠标左键选中它，并双击，即可出现相应的编辑窗口，如：
—对于文字及质粒名称、大小，我们可以用鼠标在任意位置拖放。
其它的修饰，点击Edit菜单中“Plasmid Options”命令，出现“Plasmid Options”对话框，在此，我们可以改变：
①、质粒环的粗细、大小（半径）环的颜色以及背景颜色。
②、标记连线的粗细、颜色以及标出Marker的位置。
③、Arc名称连线的粗细、颜色、Arc边缘的颜色。是否标记Arc的位置，并且可以把Arc的名称放在圆环的外面。
④、当我们绘出自己满意的图形后：
－可以直接通过打印机打印出来。“File”菜单“Print”命令。
－保存为Winplas文件，以后可以直接用Winplas打开，“File”菜单中“Save as”命令，选则保存位置及文件名即可。
－直接复制并到Word文档中粘贴。
－导出为通用图形文件：“File”菜单“Expont Graphic file”我们可以保存为PCX GIF TIF等文件。

二，对于从GeneBank下载的已知序列及功能区的序列，Winplas可以根据要求生成质粒图谱。
1，  点击“File”菜单中“New”命令。
2，  点击“Insert”菜单，“GenBank file”
3，  选择要打开的文件：如PDR 322 GB_。
4，  点击打开后出现环、质粒名称及大小。
5，  此时我们可以像画空白质粒一样填加文字、标记、Arc，但更重要的是Winplas可以直接生成酶切位点和特征区，方法是：点击“Sequence”菜单中的“Restriction Enzgme”命令，出现“Select Restriction Enzgme”对话框，利用键盘上的Ctrl键及鼠标左键选中需要标记的酶，如果觉得所列的酶太多，也可以通过酶切位点数目来分类。
6，  点击OK，则在环上的相应位置出现酶的标记。
7，  点击“Sequence”菜单中的“Features”命令，在“Select Features”对话框中列出所有特征功能区名称、位置、描述等。
8，  点击“OK”后，完成Features的标记。
9，  这时与绘制空白质粒一样，我们可以对它进行修饰、编辑并将结果保存或导出。

三，对于普通的Sequence文件或保存成TXT格式的序列，Winplas同样可以生成质粒图，只是由于普通序列文件不包含功能区的信息，因此不能自动生成质粒图。1，  点击“File”——new命令，
2，  Insert菜单，“Sequence file“命令，打开一个普通的序列文件，
3，  其后的工作与前面所讲相似，不再多述。

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(责任编辑：泉水)

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