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Winplas 2.7--一个质粒绘图的专业软件

时间:2005-06-02 01:00来源:DXY.cn 作者:bioguider 阅读:

Winplas 2.7


Winplas作为一个质粒绘图的专业软件,功能强大,而且极易上手,它可以绘制出具有发表质量的质粒图谱。可广范应用于论文、教程的质粒插图,它的特性包括:
1,  无论是否知道质粒的原始序列都能绘制质粒图,像Vector NTI等综合软件也能绘制质粒图,但有一个前提就是首先得知道质粒得原始序列;
2,  可读入各种流行得序列格式文件,能方便地导入各种序列信息;
3,  可自动在识别序列中的限制性酶切位点;
4,  可对序列进行各种编辑,如:从文件插入序列、置换序列、序列编辑、部分序列删除等
5,  绘图功能强大,如:位点标签、任意位置文字插入、生成彩图、线性或环形质粒图谱,可输出到剪贴板或图像文件。

一, 在不知道序列结构时绘制质粒图:
1,  点击File菜单中地New命令,出现一个MapView窗口,同时工具栏中地绘图命令显亮。
2,  点击“Insert”菜单中的“Blank Seqment”命令,出现一个“Create New Plasmid”对话框。
-在Title栏中填入质粒名称,如pUC18。
-在Base Pairs栏中填入质粒大小,如3000。
-在Type单选框中设制质粒图谱为线型还是环形。
3,  点击OK后,在Map View窗口就会出现一个圆环,其中有质粒名称及质粒大小。
4,  下面的工作就是向圆环上添加文字描述、标记及弧。
①点击“Insert”菜单中的“Text”命令,或直接点击工具栏中的“Text”按纽,出现“Edit Text object”对话框。
-在“Text”书签中填入“Text”的内容,如:This is PUB 18’s map,选择左右对齐及居中。
-选定相应字符可以加黒、斜体等。
-在Font书签中改变字体格式、大小及颜色。
-文字就出现在Map View窗口中,使用鼠标左健,就可以随意拖动其位置。

②点击“Insert”菜单中“Maker”命令或直接点击工具栏中的“Maker”按钮,出现”Edit Maker Object”对话框。
-此时,在Maker书签中的Base Pair填入添加Maker的位置,如800。
-在Label栏中,填入Maker的名称,如HindⅢ。同样可以改变HindⅢ的字体样式:加黑,斜体等。
-同样在Font书签中可以改变字体的样式、大小及颜色。
-点击OK,则在圆环800bp的相应位置出现HindⅢ的标记。

③点击“Insert”菜单中“Arc”命令,弹出”Edit Arc Object”对话框。
-在Arc书签中的Base Pair栏中,填入Arc的起始位置,如1000。
-在Length栏中填入Arc的长度,如400。在Label栏中填入Arc的名称,如Amp。
-在Arc Style书签中,首先确定该Arc是否有箭头以及箭头的方向。分别对应none, 5’→3’,3’→5’,及双向。
-通过Width来确定Arc的宽度
-也可以调节箭头与Arc径宽度的比值
-改变填充样式以区分不同的Arc;改变Arc的颜色;同样也可以改变字体的样式、颜色等
-点击OK,则在图谱中1000-1400bp位置出现一个Arc,名称叫Amp。

5.相同的道理,我们可以随意加入其它的文字,标记及弧。下面,我们对初步得到的图谱进行编辑:
—对于任何一个项目,如需要修改,我们只需用鼠标左键选中它,并双击,即可出现相应的编辑窗口,如:
—对于文字及质粒名称、大小,我们可以用鼠标在任意位置拖放。
其它的修饰,点击Edit菜单中“Plasmid Options”命令,出现“Plasmid Options”对话框,在此,我们可以改变:
①、质粒环的粗细、大小(半径)环的颜色以及背景颜色。
②、标记连线的粗细、颜色以及标出Marker的位置。
③、Arc名称连线的粗细、颜色、Arc边缘的颜色。是否标记Arc的位置,并且可以把Arc的名称放在圆环的外面。
④、当我们绘出自己满意的图形后:
-可以直接通过打印机打印出来。“File”菜单“Print”命令。
-保存为Winplas文件,以后可以直接用Winplas打开,“File”菜单中“Save as”命令,选则保存位置及文件名即可。
-直接复制并到Word文档中粘贴。
-导出为通用图形文件:“File”菜单“Expont Graphic file”我们可以保存为PCX GIF TIF等文件。

二, 对于从GeneBank下载的已知序列及功能区的序列,Winplas可以根据要求生成质粒图谱。
1,  点击“File”菜单中“New”命令。
2,  点击“Insert”菜单,“GenBank file”
3,  选择要打开的文件:如PDR 322 GB_。
4,  点击打开后出现环、质粒名称及大小。
5,  此时我们可以像画空白质粒一样填加文字、标记、Arc,但更重要的是Winplas可以直接生成酶切位点和特征区,方法是:点击“Sequence”菜单中的“Restriction Enzgme”命令,出现“Select Restriction Enzgme”对话框,利用键盘上的Ctrl键及鼠标左键选中需要标记的酶,如果觉得所列的酶太多,也可以通过酶切位点数目来分类。
6,  点击OK,则在环上的相应位置出现酶的标记。
7,  点击“Sequence”菜单中的“Features”命令,在“Select Features”对话框中列出所有特征功能区名称、位置、描述等。
8,  点击“OK”后,完成Features的标记。
9,  这时与绘制空白质粒一样,我们可以对它进行修饰、编辑并将结果保存或导出。

三, 对于普通的Sequence文件或保存成TXT格式的序列,Winplas同样可以生成质粒图,只是由于普通序列文件不包含功能区的信息,因此不能自动生成质粒图。1,  点击“File”——new命令,
2,  Insert菜单,“Sequence file“命令,打开一个普通的序列文件,
3,  其后的工作与前面所讲相似,不再多述。

WinPlas2.7下载:

(责任编辑:泉水)
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