9. Structure 用该命令可以要求Rasmol计算二级结构(dssp算法),可以给出螺旋,折叠的个数。如果PDB结构中有这些信息,将直接使用,而不通过计算。根据这些信息,rasmol定义了helix, sheet以及turn,因此可以用select helix等来选择二级结构,然后进行不同的操作。
10. 图形位置控制 a. Centre 控制旋转中心或滚动中心。比如 centre lys140,将中心从原来整个分子的中心转移至lys140上。
b. Rotate,translate 控制旋转角度,平移位置。比如分子绕x轴旋转10度,用rotate x 10,反向则用rotate x -10。translate的使用同rotate。
c. Zoom 控制缩放大小,比如zoom 100。
d. Reset 显示回到初始显示位置
11. 原子颜色的控制 rasmol有默认的原子颜色,比如碳原子用灰色表示。可以用下面的方式将其变为绿色:select carbon, color green.
12. rasmol的默认定义类 rasmol有自己定义的类,比如芳香族氨基酸对应aromatic,即如果想选择所有的芳香族氨基酸,可以直接用select aromatic。其他的还有:
AT Acidic Acyclic Aliphatic Alpha Amino Aromatic Backbone Basic Bonded Buried CG Charged Cyclic Cystine Helix Hetero Hydrogen Hydrophobic Ions Large Ligand Medium Neutral Nucleic Polar Protein Purine Pyrimidine Selected Sheet Sidechain Small Solvent Surface Turn Water
(责任编辑:泉水) |