2）Affymetrix公司的Genotyping（如人类SNP图谱分析芯片）和健康研究芯片：

　　这一类芯片用于检测样品基因组的变异，因而只需纯化基因组DNA，并用配套的Primer进行PCR扩增。HuSNP的配套试剂盒里还提供标记好的引物。而对应2种健康研究芯片，Affymetrix公司则提供Enzo？ BioArray？ Terminal Labeling Kit进行末端荧光标记。

　　3） Clontech公司的Atlas Pure Total RNA Labeling System：

　　这是一个从Total RNA中制备同位素标记的cDNA探针的试剂盒。利用生物素偶联的Oligo（dT）和磁珠偶联的Streptavidin将mRNA吸附到磁珠上，加入MacroArray（包括尼龙膜基质和塑料基质）提供的基因特异引物混合物（CDS Primer）、同位素标记物和逆转录酶，直接在磁珠上合成同位素标记的cDNA探针，最后从磁珠上洗脱标记好的探针，纯化后即可用于杂交。这个标记试剂盒可以从少至10μg的total RNA中制备适用于Clontech公司各种尼龙膜基质和塑料基质MacroArray的高质量cDNA探针。由于将mRNA纯化和cDNA探针合成、标记合为一体，方便用户的同时还可节约成本。这个系统不适用于玻片芯片的探针标记。

　　4） Clontech公司的SpotLight Chemiluminescent System

　　这种专为Clontech公司各种尼龙膜基质的Macroarray设计的化学发光试剂盒助你彻底从同位素中解放出来，让你轻松快速、高灵敏度地进行各种尼龙膜基质的杂交印迹和MacroArray的非放射性检测。两种标记试剂盒（Atlas SpotLight Labeling Kit和SpotLight Random Primer Labeling Kit）适应不同的研究需要，配合通用的杂交检测试剂盒（SpotLight Chemiluminescent Hybridization & Detection Kit），即可组合出完整的非放射性检测分析系统。不过这个系统不适用于玻片基质的芯片的探针标记。

　　由于Atlas系列的DNA微阵列膜上每个点的核酸量有限，所以对标记探针的灵敏度要求非常高，一般情况下同位素是首选。如今Atlas SpotLight标记试剂盒特别提供逆转录所需的试剂，可以将2μg以上的mRNA或者50μg以上的RNA样品制备成生物素标记的单链cDNA探针，由于没有竞争性抑制，单链探针的灵敏度要大大高于双链探针。另外生物素标记的探针比32P标记的探针要稳定，可以在半年内多次重复使用。

　　对于Southern、Northern和多组织Northern预制杂交膜（MTN）、多组织表达矩阵（MTE）等以尼龙膜为基质的杂交、印迹反应，可以选用SpotLight随机引物标记试剂盒进行标记，和同位素标记一样简单，但却更加安全、容易处理，而且生物素标记的探针稳定时间更长。

　　配套通用的杂交检测试剂盒里提供特殊配方的SpotHyb杂交液，能有效降低背景，减少非特异杂交，提高灵敏度。HRP偶联的Streptavidin能高效专一地结合生物素标的探针。采用了加强型的化学发光试剂，信号强且发光信号可以持续6小时之久，通常压片5-10分钟，一旦结果不理想，允许反复压片。相比同位素需要压片过夜，SpotLight让你当天就得到实验结果，可谓安全、方便、快速多了；而相比常规化学显色法，SpotlLight化学发光法的灵敏度要高的多，信号更清晰、干净，而且不会出现一旦显色过度就不可逆转的毛病。

　　5) Clontech Atlas Glass Fluorescent Labeling Kit

　　这是一个间接荧光探针标记试剂盒，标记好的荧光探针适用于各种玻片基质的DNA芯片。在试剂盒提供的dNTP Mix中以氨基化的dUTP（Aminoallyl-dUTP）代替普通的dUTP（这种修饰不影响合成效率），加入2μg以上的样品mRNA或者20μg以上的total RNA，以及基因特异性引物（一般由芯片试剂盒提供）和逆转录酶，合成氨基修饰的cDNA。这时只要加入N-羟琥珀酰亚胺（N-hydroxysuccinimide）活化的荧光染料（自备）进行偶联反应，荧光染料的活化基团就会和cDNA中的修饰dUTP上的氨基偶联，从而生成荧光标记的cDNA探针。荧光染料可以是Cy3、Cy5、FITC、fluorescein、Texas red、rhodamine、bodipy或者Alexa dye，而且各种荧光染料的标记效率相当。值得一提的是这种间接荧光标记比直接标记法的效率更高，在双色荧光标记时，可以避免直标法因为Cy5标记效率低而导致Cy3、Cy5两种颜色信号强度不同的现象。试剂盒提供除荧光染料外的全部试剂，足够作10次标记。

　　6）Vysis公司的Microarray Nick Translation Kit是配合Vysis公司的Genomic Microarray--AmpliOnc I Microarray的荧光标记试剂盒，采用缺口平移的方法将荧光标记的dUTP掺入纯化的样品基因组DNA中作为探针，和AmpliOnc I Microarray进行杂交。

　　除了厂家为自家的DNA Array提供的配套核酸纯化和标记试剂盒,我们还介绍几个比较有特色的同类产品：

　　4．用于多次反复杂交的可洗脱探针制备技术：

　　Ambion公司的Strip-EZ RT Kit是专门为尼龙膜基质的Macroarray，以及各种预制杂交膜而设计的cDNA探针合成标记试剂盒。我们在前面介绍过尼龙膜基质或者塑料基质的Macroarray的优点之一是在杂交检测后可以将膜上结合的探针洗脱，因而膜可以重复使用多次，能够一定程度的降低每一次的使用成本。常规的膜再生方法需将膜放在SDS溶液中煮沸一定时间，因而会对膜和膜上的信号造成损耗，通常重复使用3次后已经得不到清晰的信号。

　　Strip-EZ RT试剂盒的工作原理是在逆转录酶合成cDNA探针的同时掺入经修饰过的脱氧核苷酸（专利技术，这种修饰不会影响探针的杂交特性）和标记核苷酸，合成的探针与膜经过杂交、检测后将膜浸入Probe Degradation Buffer中5分钟，修饰过的脱氧核苷酸降解，探针即被降解寡核苷酸碎片，再将膜浸入再生Buffer中68℃下温和地洗脱降解的寡核苷酸碎片，膜即可再生。Strip-EZ RT Kit制备的cDNA探针可以在非常温和的条件下（试剂由试剂盒提供）洗脱原有的杂交信号，减轻对膜的伤害，延长膜的使用寿命，降低膜的使用成本。数据表明经过9-15次反复洗脱后的膜依然能得到清晰的杂交信号(见图，左边为STRIP-EZ标记探针，右边为普通探针，膜经过1，3，5，10，15轮反复杂交-洗脱-再杂交后检测信号）这个试剂盒可用于同位素标记和非放射性标记，需要0.5-1μg以上的mRNA或者10μg以上的total RNA作为起始材料，不过厂家推荐尽可能的使用纯化的mRNA，因为使用total RNA会导致较高的非特异背景，影响检测。

　　Ambion公司针对不同厂家的Macroarray还推出了优化条件的专用试剂盒Array-Advantage AA Kit （Cat.No. 1857，for Clontech's Atlas Nylon Array)， Array-Advantage GF Kit (Cat.No. 1855, for Research Genetics' GeneFilters Array， Array-Advantage UA Kit （Cat.No.1853, for Ambion's ULTRArray)。除了Strip-EZ RT所需试剂外，这种试剂盒里还提供探针纯化柱（30），可以除去探针中多余的标记物和杂质，同时还提供适用于尼龙膜的快速杂交液（500ml）、20xSSC（1L）、10%SDS（1L）等试剂和需要用到的指管。对于需要RNA探针或者DNA探针的用户，Strip EZ还有RNA、DNA和PCR三种不同的试剂盒可供选择，详情请致电基因有限公司或访问生物通商城。

　　以上各种方法都要求较大量的起始材料（通常要1μg以上的mRNA），对于那些数量很少的样品该怎么办呢？对于细胞数量不少于1000或者质量不少于100μg的样品，可以选用Clontech公司的SMART PCR cDNA Synthesis Kit（K1052—1）结合Atlas SMART Probe Amplification Kit。SMART技术是利用逆转录酶在逆转录反应过程中遇到mRNA5’端帽子结构时会自动加若干个dCTP的特性，在反应体系中加入末端带若干个G的SMART Oligonucleotide与之形成匹配，使逆转录酶以SMART引物为模板继续延伸合成的cDNA，从而使合成的cDNA5’端带上SMART引物的对应序列，就可以直接用PCR进行扩增。因此只要少至50ng的total RNA就可以通过扩增得到足够的材料来合成探针。扩增后的cDNA加入基因特异性引物（如果没有，可以用随机引物，但会导致背景升高和灵敏度降低）、Klenow酶、SMART Blocking Solution和标记物合成cDNA探针。这个SMART Blocking Solution可以阻断前面的SMART引物，避免对后继的探针合成和杂交产生影响。SMART技术经过优化后可以保证扩增后的cDNA基本保持原始RNA样品的复杂度和相对丰度，因而合成的探针也保持同样的代表性。

　　对于更少的样品，比如用Laser Capture Nicrodissection激光显微俘获系统从组织切片上挑选的少量细胞或者手术切下的较小的组织块（例如活组织检查切片），则可以考虑以下方法：用带有T7序列的Oligo（dT）和特别灵敏的QIAGEN Sensiscript RT Kit（适用于特别少量的RNA样品，如单细胞RT-PCR）将样品RNA反转录为带T7序列的cDNA，再用Ambion公司的MEGAscript High Yield Transcription Kit进行体外转录，大量扩增mRNA后再用不同的方法制备探针。Ambion公司专利的大规模合成RNA技术可以在较短时间内合成大量RNA，其产量为常规方法的10—50倍，最长可以合成常达16kb的转录本，特别适合少量样品中低丰度的RNA扩增。另外也可以选择Ambion公司的Cell-to-cDNA试剂盒，则可以避免少量样品抽提RNA的麻烦，通过细胞裂解、RNAse失活和DNAse消化到cDNA合成，直接合成cDNA，然后再配合MEGAscript High Yield Transcription Kit扩增RNA，最后标记探针。

　　另外，由于标记后需要去除标记反应中的杂质和未掺入的标记物才能进行杂交，我们在这里另外介绍几个纯化探针的产品：

　　QIAGEN公司的QIAquick Nucleotide Removal Kit（Cat.No.28304, 50preps）独特的硅胶膜技术能够在5分钟内纯化10μg从17mer—40mer的单链DNA或者40bp—10kb的双链DNA，能去除99%以上的<10mer的寡核苷酸或者dNTP。特别适合去除同位素标记反应中的未掺入的标记物。

　　Ambion公司的NucAway Spin Columns（Cat.No.10070，30preps）一步离心即可有效去除未掺入的标记物和盐，特别适合探针纯化，保证无RNase、DNase污染。

　　Clontech公司的CHROMA SPIN olumn（Affymetrix推荐！）是一类预装微型凝胶过滤柱，用时只要拆开两端密封，离心--上样--离心，即可有效去除样品中的小分子杂质，3种不同的缓冲液适合不同需要：TE Buffer适合常规的DNA纯化，STE（TE+0.1M NaCl）适合需要较高盐浓度以防止样品分子间的离子相互作用，而DEPC-H2O（+0.1M EDTA）适合RNA的纯化。每一种缓冲液均有6种不同的型号，根据凝胶孔径的不同，分离样品的范围可从15mer到Genomic DNA。

产品

应用 K1300-1 CHROMA SPIN+STE-10 Columns（20）
K1320-2 CHROMA SPIN+TE-10 Columns（50） 去除未掺入的核苷酸；去除5 kDa的小分子；核酸反应中脱盐或换Buffer；纯化>15mer的寡核苷酸 K1301-2 CHROMA SPIN+STE-30 Columns（50）
K1321-2 CHROMA SPIN+TE-30 Columns(50)
K1331-2 CHROMA SPIN-30 DEPC-H2O Columns(50)  纯化>35mer的DNA或者RNA分子，在标记或合成cDNA反应中除去＜9mer的小分子、盐和dNTP，去除连接反应中的Linker；纯化>30 kDa的蛋白 K1302-1 CHROMA SPIN+STE-100 Columns(20)
K1322-1 CHROMA SPIN+TE-100 Columns(20)
K1332-1 CHROMA SPIN-100 DEPC-H2O Columns（20）
K1332-2 CHROMA SPIN-100 DEPC-H2O Columns（50） 纯化>140bp的DNA或者140碱基的RNA分子；除去PCR反应后未延伸的Primer或者＜30bp的短扩增产物；在转录和DNase消化DNA模板后纯化>140mer的RNA探针；除去消化后的琼脂糖成分；从DNA或者RNA溶液中除去＜250 kDa的蛋白； K1325-2 CHROMA SPIN+TE-200 Columns 50
K1335-1 CHROMA SPIN-200 EPC-H2O Columns 20 PCR反应后纯化>350bp 的DNA分子；除去＜50mer的引物和＜45bp的引物双体；除去＜1000kDa的蛋白 K1323-2 CHROMA SPIN+TE-400 Columns 50 纯化或者筛选>600bp的DNA分子；从>600bp的PCR产物中除去＜100bp的引物和扩增产物；除去＜8000kDa的蛋白 (责任编辑：泉水)