我们热爱生命科学!-生物行

生物芯片的制作(2)

时间:2006-06-21 16:47来源:大众医药网 作者:admin 点击: 823次

  如果人、小鼠和大鼠的这些Oligo还不能满足你的需要,那么可以选择Operon公司的Array-Ready Oligo Sets。刚被QIAGEN公司收购的Operon公司是世界著名的DNA合成专家,提供包括有酵母基因组、人类基因组、小鼠基因组、疟原虫基因组和肺结核杆菌基因组的Oligo sets。所有的OligoSets都是按最新的数据而设计的。由于测序速度的提升,更多新数据涌现,Operon公司保证以后根据新数据设计的Oligos将以升级试剂盒的形式提供。

  Yeast Genome Oligo Set里提供斯坦福大学酵母基因组数据库(SGD)中6307个酿酒酵母的开放阅读框中挑选的长度为70-mer单链寡核苷酸和10个对照,所有的序列经过BLAST保证同源性最低,避免非特异杂交。每种Oligo有2000pmol,足够点2000-6000张片。

  Alaria Genome Oligo Set则包含整个Plasmodium falciparum疟原虫基因组6231个预测的基因或ORF对应的70-mer寡核苷酸,以及138个对照,是由加州大学的芯片专家Dr.Joe DeRisi协助设计的。数据来源是Sanger中心和TIGR以及斯坦福大学。

  Operon公司也提供Human Genome Oligo Set,包含13971个来源于UniGene中的已知基因对应的70-mer寡核苷酸序列(Hs build 119)和29个对照。(The UniGene database automatically clusters all human Genbank sequences into a non-redundant set of genes. Similar databases are also available for the rat and mouse genomes. Each cluster in the UniGene database represents one unique gene. A cluster may contain many sequences, but one representative sequence has been selected based on the longest region of high-quality sequence data.)

  Mouse Genome Oligo Set同样包含6868个已知基因对应的70-mer序列,数据来源也是Mouse UniGene Build 83,还有16个对照。每个Oligo的量也是2000pmol。

  Tuberculosis Genome Oligo Set包含4295个70-mer Oligo,其中大部分是来源于Sanger中心测序的Mycobacterium tuberculosis H37RV (lab strain)基因组中预测的3924个基因,另外371个是来源于TIGR(The Institute for Genomic Research)测序的TB strain CDC-1551中和前者同源性低于97%的预测基因。

  除了购买现成的核酸,还可以通过自己合成寡核苷酸和PCR扩增模板的方法制备点样样品。由于自己合成Oligo成本太高,只适于少量特殊样品。最常用的还是PCR扩增。一张芯片上可不只10个8个样本,少则上百多则上千个样本的质粒纯化、PCR以及PCR产物纯化,加上芯片上的样品量很有限,点样的纯度必须有保证,所以QIAGEN公司的96孔高通量核酸纯化系列是最好的选择。一次可以纯化96个样品,大大简化了上百个样本纯化的工作量和操作强度。

  26171 R.E.A.L. Prep 96 Plasmid Kit(4x96)——高通量碱法纯化小量质粒DNA,只需60-75分钟即可纯化96个样品,需要96孔板离心机。

  27191 QIAprep 96 Turbo Miniprep Kit(4x96)——高通量碱法纯化小量质粒DNA,采用真空抽滤的方法,只需45分钟即可纯化96个样品,无需96孔板离心机。质粒纯度高。

  27781 QIAprep 96 M13 Kit(4x96——高通量纯化M13单链DNA,采用真空抽滤的方法,只需45分钟即可纯化96个样品。

  28181 QIAquick 96 PCR Purification Kit--采用真空抽滤的方法,利用硅胶膜技术25分钟内从PCR反应体系中回收高纯度的DNA,回收率高达90%(100bp-10kb),可除掉 99.5 %的引物,无需另外去除石蜡油,无需乙醇沉淀,无需酚、氯仿等有机试剂。纯化产物可直接用于芯片点样或测序。

  Telechem 公司:世界著名的芯片供应商,提供各种芯片方面的耗材和试剂。其PCR产物纯化试剂盒利用高级滤膜技术,具有价格低、通量高、速度快等优点。无需乙醇沉淀,无需酚、氯仿等有机试剂。90%以上的回收率,99.9%的DNA纯度,孔与孔之间的交叉污染小于0.01%,每天可以纯化1000个以上的样品。

  大规模样品纯化

  对于较大规模制作芯片的用户,由于点样样品数目太多,即使采用这种高通量试剂盒还是不够方便。这时不妨考虑分子生物学的标准工作站--全自动核酸和蛋白纯化工作站。这可不同于那种单一样品大量纯化的系统,而是特别适合芯片制作的很多个样品小量纯化系统。

  随着人类基因组、功能组的研究不断深入,生物芯片的研究在全世界开展的如火如荼,它已经成为进行大规模分子生物学研究的有利工具。但是在芯片飞速发展的今天,样品制备已经成为芯片发展的瓶颈所在。生物样品往往是各种组分的混合体,成分非常复杂,传统的核酸和蛋白纯化方法需要花费大量的人力、物力、财力,而且许多有机试剂会对人体造成不同的伤害。如今,您再也不用为纷繁复杂的纯化过程而烦恼了,世界上声誉卓著的核酸纯化供应商--QIAGEN公司推出了全自动核酸和蛋白纯化工作站--4个不同的自动纯化系统型号:BioRobot 8000,BioRobot 3000,BioRobot 9604,BioRobot 9600,加上QIAGEN优质的多种配套纯化试剂盒--从质粒、粘粒、RNA、血液基因组DNA、病毒DNA到蛋白,品种丰富,信誉卓著,带着德国人的严谨和自信,在欧美的生物医学市场上掀起了一场革命,各大分子生物学中心、芯片中心、医学中心争相抢购。作为国内最大的生命科学领域内的仪器和试剂供应商,我们有理由,更有责任将这套系统推荐给在生命科学领域内忘我工作的科学家,为大家分忧解难,为促进中国的生物芯片产业发展尽牵线搭桥,为缩小与欧美在生命科学领域内的差距尽一份薄力。

  BioRobot 8000:

  专为基因组实验室设计,同时也可以用于其他分子生物学领域。高通量、快速、全自动核酸纯化系统,功能强大的真空过柱、振荡混匀及加热制冷装置,无需离心即可进行核酸纯化。8通道自动移液系统可以对384孔板进行准确、快速地移液处理。

  特点:

  1、高通量核酸纯化。

  2、速度快、全自动样品传送及液面监控。

  3、高精确处理384孔板。

  4、提供优质配套试剂,结果重复性好。

  5、具有功能强大的软件处理系统。

  6、提供配套的优质试剂

  BioRobot 3000:

  此系列为可根据客户的不同需求量身定做的分子生物学平台。自动移液,软件功能强大,用途广泛。主要可以应用于:基因组或质粒DNA,RNA纯化病毒DNA,RNA纯化,6×His蛋白纯化,PCR产物纯化,PCR、测序及其它反应体系准备,Re-arraying。

  特点:

  1、根据客户的不同需求量身定做

  2、灵活的操作系统、满意的结果

  3、准确的枪头定位系统(根据液面不同)和液体传输系统

  4、可选择与其他仪器(如分光光度计)连用的自动机械臂

  5、自动的样品跟踪和过程控制系统(条形码扫描)

  6、简单易学的软件操作系统

  7、提供配套的优质试剂

  BioRobot 9604;

  此仪器是专为临床样品和细胞培养液设计的核酸自动纯化的分子生物学工作站。可自动从临床诊断样品(各种血样,体液,口腔刮离细胞及细胞培养物等)中纯化基因组DNA、质粒DNA、RNA、病毒DNA及RNA,还可进行PCR产物纯化,PCR样品准备。适用于 医院,检验科分子诊断,血库,检疫,海关病毒检测,血液分型,法医DNA指纹鉴定制药公司药物筛选等。

  特点:

  满足分子诊断所需DNA的标准的、自动纯化操作过程

  满意的得率和可信的结果

  自动的样品跟踪和过程控制系统(条形码扫描)

  可同时进行2X96样品,且有很好的可重复性

  可安全处理有传染性的样品

  配套的高质量试剂

  简单易学的软件操作系统

  BioRobot9600:

  此仪器是为常规分子生物学研究设计的核酸纯化工作站。可以进行质粒DNA,RNA纯化病毒DNA,RNA纯化, PCR产物纯化,PCR、测序及其它反应体系准备,Re-arraying。

  特点:

  分子生物学标准的、自动核酸纯化操作过程

  移液过程中不会造成交叉污染

  配套的高质量试剂

  简单易学的软件操作系统

择自:(中华基因网)

(责任编辑:泉水)
顶一下
(11)
100%
踩一下
(0)
0%
------分隔线----------------------------
发表评论
请自觉遵守互联网相关的政策法规,严禁发布色情、暴力、反动的言论。
评价:
表情:
用户名: 验证码:点击我更换图片