为了依法推进简政放权、放管结合、优化服务改革，国务院对取消行政审批项目涉及的行政法规进行了清理。经过清理，国务院决定：对15部行政法规的部分条款予以修改。第9条是对《农业转基因生物安全管理条例》的修改决定，2条内容被删去，5条内容被修改，具体内容如下：

删去《农业转基因生物安全管理条例》第十六条第二款第二项。第二款第四项改为第三项，修改为：“（三）国务院农业行政主管部门规定的试验材料、检测方法等其他材料”。第三款修改为：“国务院农业行政主管部门收到申请后，应当委托具备检测条件和能力的技术检测机构进行检测，并组织农业转基因生物安全委员会进行安全评价；安全评价合格的，方可颁发农业转基因生物安全证书。”

删去第二十二条。

第三十三条改为第三十二条，修改为：“境外公司向中华人民共和国出口农业转基因生物用作加工原料的，应当向国务院农业行政主管部门提出申请，提交国务院农业行政主管部门要求的试验材料、检测方法等材料；符合下列条件，经国务院农业行政主管部门委托的、具备检测条件和能力的技术检测机构检测确认对人类、动植物、微生物和生态环境不存在危险，并经安全评价合格的，由国务院农业行政主管部门颁发农业转基因生物安全证书：

“（一）输出国家或者地区已经允许作为相应用途并投放市场；

“（二）输出国家或者地区经过科学试验证明对人类、动植物、微生物和生态环境无害；

“（三）有相应的安全管理、防范措施。”

第三十五条改为第三十四条，修改为：“农业转基因生物在中华人民共和国过境转移的，应当遵守中华人民共和国有关法律、行政法规的规定。”

第三十六条改为第三十五条，删去其中的“国家出入境检验检疫部门”。

删去第四十九条。

第五十一条改为第四十九条，修改为：“违反本条例规定，进口、携带、邮寄农业转基因生物未向口岸出入境检验检疫机构报检的，由口岸出入境检验检疫机构比照进出境动植物检疫法的有关规定处罚。”