我们热爱生命科学!-生物行

[推荐] matlab与c混合编程之我见

时间:2007-02-15 02:30来源:Internet 作者:admin 点击: 3913次
用C编写mex程序
  大家都知道,matlab是一种解释型的编程环境,也就是说,跟以前的basic一样,是读
一句执行一句的。这样做可以很方便的实现编程过程中的交互,也免去了麻烦又耗时的
编译过程。但凡事有一利必有一弊,matlab在执行时速度慢也就根源于此。在matlab里
  tic
  for i=1:10000
  b(i)=a(10001-i);
  end
  怎么样,是不是很慢?
  你的程序里如果再多几个这样的循环,运行速度就可想而知了。
  上面程序的功能是将向量a里的数据逆序赋给向量b。下面的程序可以实现相同的功能
  tic
  b=a(10000:-1:1);
  为什么这个程序运行速度就这么快呢?这是因为matlab里的基础矩阵运算函数,像转
置,复制等等,都是以二进制程序的形式存在的,运行起来速度当然比解释执行10000次
  所以编matlab程序时,应该尽量避免用循环语句,而使用等效的矩阵运算。虽然这样
  但总是有的时候没法找到对应的矩阵运算来等效,或编出来的程序复杂得让人没法修
  简单地说,mex程序就是根据一定的接口规范(mtlab提出的)编写的一个dll,matla
比如我编了一个mex函数,名字叫max2.dll,那么只要把这个dll所在的目录加到matlab
的搜索路径里(用addpath),就可以像调用普通matlab函数一样来调用它了。因为把

循环体放到了二进制程序中,执行速度快得多。


  Mex文件既可以用c,也可以用fortran来编。因为我用的是c语言,所以下面的介绍都

是用c语言编写mex文件的方法。如果你用的是fortran,请你自己去看Apiguide.pdf,里

面有详细说明。

 前面说到通过把耗时长的函数用c语言实现,并编译成mex函数可以加快执行速度。这
  Matlab5.1本身是不带c语言的编译器的,所以要求你的机器上已经安装有VC,BC或Wat
com C中的一种。如果你在安装Matlab时已经设置过编译器,那么现在你应该就可以使用
mex命令来编译c语言的程序了。如果当时没有选,只要在Matlab里键入    mex -setup
,就会出现一个DOS方式窗口,下面只要根据提示一步步设置就可以了。由于我用的是w
  听说Matlab5.2已经内置了C语言的编译器,那么下面的这些可能就用不着了。可惜现
  需要注意的是,在设置编译器路径时,只能使用路径名称的8字符形式。比如我用的V
C5装在路径 C:\PROGRAM FILES\DEVSTUDIO下,那在设置路径时就要写成:C:\PROGRA~1
  这样设置完之后,mex就可以执行了。为了测试你的路径设置正确与否,把下面的程序
存为hello.c。


#include "mex.h"

void mexFunction(int nlhs, mxArray *plhs[], int nrhs, const mxArray *prhs[])


{

 mexPrintf("hello,world!\n");

}


  假设你把hello.c放在了C:\TEST\下,在Matlab里用CD C:\TEST\ 将当前目录改为C:\

TEST\(注意,仅将C:\TEST\加入搜索路径是没有用的)。现在敲:


  mex hello.c


  如果一切顺利,编译应该在出现编译器提示信息后正常退出。如果你已将C:\TEST\加

入了搜索路径,现在键入hello,程序会在屏幕上打出一行:


hello,world!


  看看C\TEST\目录下,你会发现多了一个文件:HELLO.DLL。


  这样,第一个mex函数就算完成了。怎么样,很简单吧。下一次,会对这个最简单的程

序进行分析,并给它增加一些功能。
分析hello.c,可以看到程序的结构是十分简单的,整个程序由一个接口子过程
mexFunction构成。前面提到过,Matlab的mex函数有一定的接口规范,就是指这
nlhs:输出参数数目
plhs:指向输出参数的指针
nrhs:输入参数数目
例如,使用 [a,b]=test(c,d,e) 调用mex函数test时,传给test的这四个参数分别是2,
plhs,3,prhs。其中:
prhs[0]=c

prhs[1]=d

prhs[2]=e

当函数返回时,将会把你放在plhs[0],plhs[1]里的地址赋给a和b,达到返回数据的目

的。


  细心的你也许已经注意到,prhs[i]和plhs[i]都是指向类型mxArray类型数据的指针。

这个类型是在mex.h中定义的,事实上,在Matlab里大多数数据都是以这种类型存在。当

然还有其他的数据类型,可以参考Apiguide.pdf里的介绍。


  为了让大家能更直观地了解参数传递的过程,我们把hello.c改写一下,使它能根据输

入参数的变化给出不同的屏幕输出:


//hello.c 2.0


#include "mex.h"

void mexFunction(int nlhs, mxArray *plhs[], int nrhs, const mxArray *prhs[])

{

 int i;

 i=mxGetScalar(prhs[0]);

 if(i==1)

  mexPrintf("hello,world!\n");

 else

  mexPrintf("大家好!\n");

}


  将这个程序编译通过后,执行hello(1),屏幕上会打出:

hello,world!

  而hello(0)将会得到:

大家好!


现在,程序hello已经可以根据输入参数来给出相应的屏幕输出。在这个程序里,除了用

到了屏幕输出函数mexPrintf(用法跟c里的printf函数几乎完全一样)外,还用到了一

个函数:mxGetScalar,调用方式如下:

i=mxGetScalar(prhs[0]);

  "Scalar"就是标量的意思。在Matlab里数据都是以数组的形式存在的,mxGetScalar的

作用就是把通过prhs[0]传递进来的mxArray类型的指针指向的数据(标量)赋给C程序里

的变量。这个变量本来应该是double类型的,通过强制类型转换赋给了整形变量i。


  既然有标量,显然还应该有矢量,否则矩阵就没法传了。看下面的程序:


//hello.c 2.1


#include "mex.h"

void mexFunction(int nlhs, mxArray *plhs[],

     int nrhs, const mxArray *prhs[])

{

 int *i;

 i=mxGetPr(prhs[0]);

 if(i[0]==1)

  mexPrintf("hello,world!\n");

 else

  mexPrintf("大家好!\n");

}


  这样,就通过mxGetPr函数从指向mxArray类型数据的prhs[0]获得了指向double类型的

指针。


  但是,还有个问题,如果输入的不是单个的数据,而是向量或矩阵,那该怎么处理呢

?通过mxGetPr只能得到指向这个矩阵的指针,如果我们不知道这个矩阵的确切大小,就

没法对它进行计算。


  为了解决这个问题,Matlab提供了两个函数mxGetM和mxGetN来获得传进来参数的行数

和列数。下面例程的功能很简单,就是获得输入的矩阵,把它在屏幕上显示出来:

//show.c 1.0


#include "mex.h"

void mexFunction(int nlhs, mxArray *plhs[], int nrhs, const mxArray *prhs[])


{

 double *data;

 int M,N;

 int i,j;



 data=mxGetPr(prhs[0]); //获得指向矩阵的指针

 M=mxGetM(prhs[0]); //获得矩阵的行数

 N=mxGetN(prhs[0]); //获得矩阵的列数


 for(i=0;i<M;i++)

 {

  for(j=0;j<N;j++)

   mexPrintf("%4.3f  ",data[j*M+i]);

  mexPrintf("\n");

 }

}


  编译完成后,用下面的命令测试一下:


  a=1:10;

  b=[a;a+1];

  show(a)

  show(b)


  需要注意的是,在Matlab里,矩阵第一行是从1开始的,而在C语言中,第一行的序数

为零,Matlab里的矩阵元素b(i,j)在传递到C中的一维数组大data后对应于data[j*M+i]



输入数据是在函数调用之前已经在Matlab里申请了内存的,由于mex函数与Matlab共用同
一个地址空间,因而在prhs[]里传递指针就可以达到参数传递的目的。但是,输出参数
却需要在mex函数内申请到内存空间,才能将指针放在plhs[]中传递出去。由于返回指针
类型必须是mxArray,所以Matlab专门提供了一个函数:mxCreateDoubleMatrix来实现内
存的申请,函数原型如下:
mxArray *mxCreateDoubleMatrix(int m, int n, mxComplexity ComplexFlag)
m:待申请矩阵的行数
n:待申请矩阵的列数
为矩阵申请内存后,得到的是mxArray类型的指针,就可以放在plhs[]里传递回去了。但
是对这个新矩阵的处理,却要在函数内完成,这时就需要用到前面介绍的mxGetPr。使用
mxGetPr获得指向这个矩阵中数据区的指针(double类型)后,就可以对这个矩阵进行各
种操作和运算了。下面的程序是在上面的show.c的基础上稍作改变得到的,功能是将输

//reverse.c 1.0


#include "mex.h"

void mexFunction(int nlhs, mxArray *plhs[],

     int nrhs, const mxArray *prhs[])

{

 double *inData;

 double *outData;

 int M,N;

 int i,j;



 inData=mxGetPr(prhs[0]);

 M=mxGetM(prhs[0]);

 N=mxGetN(prhs[0]);


 plhs[0]=mxCreateDoubleMatrix(M,N,mxREAL);

 outData=mxGetPr(plhs[0]);


 for(i=0;i<M;i++)

  for(j=0;j<N;j++)

   outData[j*M+i]=inData[(N-1-j)*M+i];

}


当然,Matlab里使用到的并不是只有double类型这一种矩阵,还有字符串类型、稀疏矩

阵、结构类型矩阵等等,并提供了相应的处理函数。本文用到编制mex程序中最经常遇到

的一些函数,其余的详细情况清参考Apiref.pdf。
通过前面两部分的介绍,大家对参数的输入和输出方法应该有了基本的了解。具备了这
些知识,就能够满足一般的编程需要了。但这些程序还有些小的缺陷,以前面介绍的re
由于前面的例程中没有对输入、输出参数的数目及类型进行检查,导致程序的容错性很
#include "mex.h"
void mexFunction(int nlhs, mxArray *plhs[],
     int nrhs, const mxArray *prhs[])
{
 double *inData;
 double *outData;
 int M,N;
 //异常处理
 if(nrhs!=1)

  mexErrMsgTxt("USAGE: b=reverse(a)\n");

 if(!mxIsDouble(prhs[0]))

  mexErrMsgTxt("the Input Matrix must be double!\n");


 inData=mxGetPr(prhs[0]);

 M=mxGetM(prhs[0]);

 N=mxGetN(prhs[0]);


 plhs[0]=mxCreateDoubleMatrix(M,N,mxREAL);

 outData=mxGetPr(plhs[0]);


 for(i=0;i<M;i++)

  for(j=0;j<N;j++)

   outData[j*M+i]=inData[(N-1-j)*M+i];

}


在上面的异常处理中,使用了两个新的函数:mexErrMsgTxt和mxIsDouble。MexErrMsgT

xt在给出出错提示的同时退出当前程序的运行。MxIsDouble则用于判断mxArray中的数据

是否double类型。当然Matlab还提供了许多用于判断其他数据类型的函数,这里不加详

述。


需要说明的是,Matlab提供的API中,函数前缀有mex-和mx-两种。带mx-前缀的大多是对

mxArray数据进行操作的函数,如mxIsDouble,mxCreateDoubleMatrix等等。而带mx前缀

的则大多是与Matlab环境进行交互的函数,如mexPrintf,mxErrMsgTxt等等。了解了这

一点,对在Apiref.pdf中查找所需的函数很有帮助。


至此为止,使用C编写mex函数的基本过程已经介绍完了。下面会在介绍几个非常有用的

函数调用。如果有足够的时间,也许还会有一个更复杂一些的例程。

我们之所以使用Matlab,很重要的考虑是Matlab提供了相当丰富的矩阵运算函数和各
种toolbox。在编制mex函数时,有时我们也会遇到一些操作,在Matlab下,只需要一个
为了在mex函数里调用Matlab命令,我们就需要用到一个函数mexCallMATLAB,原型如下:
int mexCallMATLAB(int nlhs, mxArray *plhs[], int nrhs, mxArray *prhs[],
                  const char *command_name);
有了前面的基础,使用这个函数就显得十分容易了。下面给出一个例程,功能是将输入
#include "mex.h"
void mexFunction(int nlhs, mxArray *plhs[],
     int nrhs, const mxArray *prhs[])
{

 double *inData;

 mxArray *IN[1];

 mxArray *OUT[1];

 double *outData;

 int M,N;

 int i,j;


 //异常处理

 if(nrhs!=1)

  mexErrMsgTxt("USAGE: b=rot(a)\n");

 if(!mxIsDouble(prhs[0]))

  mexErrMsgTxt("the Input Matrix must be double!\n");


 //计算转置

 if(mexCallMATLAB(1,OUT,1,prhs,"'"))

  mexErrMsgTxt("Error when compute!\n");


 //根据输入参数数目决定是否显示

 if(nlhs==0)

  mexCallMATLAB(0,IN,1,OUT,"disp");

 else

  plhs[0]=OUT[0];

}


关于这个例子,相信大家一看就明白,我就不多说了。

(责任编辑:泉水)
顶一下
(52)
100%
踩一下
(0)
0%
------分隔线----------------------------
发表评论
请自觉遵守互联网相关的政策法规,严禁发布色情、暴力、反动的言论。
评价:
表情:
用户名: 验证码:点击我更换图片