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中国核酸序列数据库使用手册(18)

时间:2005-09-30 09:13来源:中国核酸序列数据库 作者:bioguider 点击: 4915次


Qualifier           /clone_lib=
Definition        克隆文库
Value format    "text"
Example            /clone_lib="lambda-hIL7"


Qualifier         /codon=
Definition      指定与密码子表中不同的密码子。
Value format    (seq:"codon-sequence",aa:<amino_acid>) 其中是密码子的碱基序列,amino_acid是翻译的氨基酸、修饰/不常用的氨基酸或OTHER。
Example         /codon=(seq:"ttt", aa:Leu)
Comment       如果氨基酸不在列表中,可以用"aa:OTHER"代替,并在/note中注释。


Qualifier         /codon_start=
Definition      第一个完整的密码子首个碱基离该feature序列的第一个碱基的位置。
Value format   1 or 2 or 3
Example         /codon_start=2


Qualifier         /cons_splice=
Definition      内含子与保守的5'-GT ... AG-3'结合位点的差异。
Value format    (5'site:<bool>, 3'site:<bool>)
Example         /cons_splice=(5'site:YES, 3'site:NO)
Comment         合法的布尔值是'yes', 'no' 或 'absent';  既然绝大部分的接合位点是保守的,该qualifer只有当序列被证明与保守序列不同时才用。在两个边界有一个是非保守时,可以用'absent'来描述。


Qualifier          /country=
Definition       DNA样品来自于哪个国家。主要用于流行生物学和群体研究。
Value format:   "any country from http://www.ncbi.nlm.nih.gov/collab/country.html"
Example:          "Canada"
Comment:        /country 从下拉菜单中选择。也可以用country:sub_region表示某个地区,如: /country="Canada:Vancouver".
              

Qualifier          /cultivar=
Definition        物种的品种。
Value format    "text"
Example           /cultivar="Taichung 65"
Comment         主要用于source这个feature key。


Qualifier         /db_xref="<database>:<identifier>"
Definition       数据库交叉参考数据;指向另一个数据库中的相关数据
Value format    "<database>:<identifier>" 其中<database>是有相关信息的数据库名称,identifier是该相关信息在数据库中的识别号码。
Example          /db_xref="SWISS-PROT:P12345"
Comment         完整的数据库类型名单见NCBI服务,URL:  http://www.ncbi.nlm.nih.gov/collab/


Qualifier       /dev_stage=
Definition      发育阶段
Value format    "text"
Example         /dev_stage="fourth instar larva"


Qualifier       /direction=
Definition      DNA复制方向
Value format    left, right,或both 。其中left表示朝输入序列的5'末端方向,right表示向3'方向。
Example         /direction=LEFT


Qualifier         /EC_number=
Definition      对序列产物-酶描述的国际酶学委员会号码。
Value format    "text"
Example          /EC_number="1.1.2.4"
Comment         合法的EC numbersIUPAC-IUB Commission的Biochemical Enzyme Nomenclature列表中。(发表于Enzyme Nomenclature 1984.  New York: Academic Press (1984) 或更新的版本)


Qualifier         /evidence=
Definition      显示是有实验性证据的,还是只是理论上推理得到的。
Value format    experimental, not_experimental
Example         /evidence=experimental
Comment         experimental表示该feature是有直接实验证据支持的。not_experimental表示该feature是理论上比较推理得到的(如根据保守序列的匹配得到的启动子)


Qualifier         /exception=
Definition      显示氨基酸或RNA序列不翻译或按照正常的生物规则与DNA序列不相符。
Value format    "text"
Example           /exception="RNA editing"
Comment         对于CDS,在用transl_except已经足够表达意思时不要用这个/exception这个qualifier。
                         有/exception的CDS的蛋白翻译与按理论上翻译出来的是不一样的。
                         可以用于描述生物机理,如RNA editing,这些场合参考文献所提到的例外较难描述。
       

Qualifier       /focus=
Definition      在一条序列中有多个source时,该qualifer指的是主要的生物。
Value format    none
Example         /focus
Comment         只有序列有多个物种source的feature时才用,由focus决定的物种将在flat file中出现在SOURCE和ORGANISM行中,并决定该序列应该在DDBJ/EMBL/GenBank系统分类中放在哪个类别中。如果没有指定翻译的密码子表,则有/focus的物种的密码子表就是缺省的密码子表。在一条序列中,最多只能出现一个/focus。

 

Qualifier       /frequency=
Definition      该feature的发生频率。
Value format    群体中带有某种变异的比例,用小数点表示
Example         /frequency=".85"


Qualifier        /function=
Definition      序列的功能
Value format    "text"
Example         function="essential for recognition of cofactor"
Comment        当基因的名称和/或产物名称还不能表达序列功能时,用/function表达。


Qualifier         /gene=
Definition      某段序列对应的基因的标记符号。
Value format    "text"
Example         /gene="ilvE"
Comment        见O'Brien, S.J., ed., Genetic Maps 1987, Cold Spring Harbor或更新的版本


Qualifier       /germline
Definition      如果序列是DNA而且属于免疫球蛋白家族,该qualifier用来表示序列来自于非重排DNA。
Value format    none
Example         /germline


Qualifier       /haplotype=
Definition      物种的单倍体型
Value format    "text"
Example         /haplotype="Dw3 B5 Cw1 A1"


Qualifier       /insertion_seq=
Definition      插入序列因子
Value format    "text"
Example         /insertion_seq="IS-11"


Qualifier       /isolate=
Definition      单个分离物
Value format    "text"
Example         /isolate="Patient #152"


Qualifier       /label=
Definition      用来永久标记feature的名称。
Value format    feature_label.  feature labels符合所有feature的命名规则。
Example         /label=Alb1_exon1


Qualifier       /lab_host=
Definition      实验室宿主
Value format    "text"
Example         /lab_host="chicken embryos"


Qualifier       /map=
Definition      遗传图谱位置。
Value format    "text"
Example         /map="8q12-13"


Qualifier       /macronuclear
Definition      如果序列是DNA,并且该生物正处于染色体macronuclear和micronuclear分化阶段之间,该qualifier用于表示序列来源于macronuclear DNA.
Value format    none
Example         /macronuclear

(责任编辑:泉水)
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