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中国核酸序列数据库使用手册(19)

时间:2005-09-30 09:13来源:中国核酸序列数据库 作者:bioguider 点击: 4911次


Qualifier       /mod_base=
Definition      修饰碱基的简称。
Value format    modified_base
Example         /mod_base=m5c
Comment         如果在修饰/不常用碱基列表中没有想要标记的碱基,则用'/mod_base=OTHER'代替,并加注释'/note="修饰碱基名称"'


Qualifier       /note=
Definition      任意附加注释说明。
Value format    "text"
Example         /note="This qualifier is equivalent to a comment."

 

Qualifier       /number=
Definition      表示遗传因子按5'->3'方向顺序的数字(如,外显子或内含子)
Value format    不带引号的文本
Example         /number=4
                /number=6B
Comment         文本限于整数,字符或整数和/或字符的组合。任何其他辅助信息在/standard_name中说明.
                如:  /number=2A
                     /standard_name="long"


Qualifier       /organelle=""
Definition      细胞器。
Value format    mitochondrion, nucleomorph, plastid, mitochondrion:kinetoplast,
                plastid:chloroplast, plastid:apicoplast, plastid:chromoplast,
                plastid:cyanelle, plastid:leucoplast, plastid:proplastid,
Examples        /organelle="mitochondrion"
                /organelle="nucleomorph"
                /organelle="plastid"
                /organelle="mitochondrion:kinetoplast"
                /organelle="plastid:chloroplast"
                /organelle="plastid:apicoplast"
                /organelle="plastid:chromoplast"
                /organelle="plastid:cyanelle"
                /organelle="plastid:leucoplast"
                /organelle="plastid:proplastid"
Comments        细胞器限于上面这些值。


Qualifier       /organism=
Definition      该物种的系统命名。
Value format    "text"
Example         /organism="Homo sapiens"


Qualifier       /partial
Definition      用来区分完整的序列区域和部分区域。
Value format    none
Example         /partial
Comment         只用于在位置position中没有指明是部分时,如果position中有'<'或'>'时,已经表示是部分序列,则不能再加/partial。

 

Qualifier       /PCR_conditions=
Definition      整个PCR反应的反应条件说明。
Value format    "text"
Example         /PCR_conditions="Initial denaturation:94degC,1.5min"
Comment         与primer_bind一起用。


Qualifier       /pop_variant=
Definition      序列来源的群体变异体。
Value format    "text"
Example         /pop_variant="population variant name"


Qualifier       /phenotype=
Definition      基因表型。
Value format    "text"
Example         /phenotype="erythromycin resistance"


Qualifier       /plasmid=
Definition      质粒名称。
Value format    "text"
Example         /plasmid="C-589"


Qualifier       /product=
Definition      序列编码的产物名称。
Value format    "text"
Example         /product="catalase"


Qualifier       /protein_id=
Definition      由国际协调组织做的蛋白标识符,该标识符由固定的代码部分(3+5格式,3个字符+5个数字)和一个版本号加"."连接而成。
Value format    <identifier>
Example         /protein_id="AAA12345.1"
Comment         当编码蛋白的CDS改变时,只有/protein_id的版本号上升,3+5的固定代码部分不变,永久标识该蛋白。/protein_id只有在翻译出合法蛋白的CDS中才有效。


Qualifier       /proviral
Definition      表示该序列是病毒整合到宿主基因组的原病毒序列。
Value format    none
Example         /proviral


Qualifier       /pseudo
Definition      假,该特征是此feature key的无功能版本。
Value format    none
Example         /pseudo


Qualifier       /rearranged
Definition      如果序列是DNA而且是免疫球蛋白家族成员,该qualifier表示该序列来自于重排DNA。
Value format    none
Example         /rearranged


Qualifier       /replace=
Definition      表示该序列的feature中间被值"text"所取代。
Value format    "text"
Example         /replace="a"


Qualifier       /rpt_family=
Definition      重复序列,如"Alu"或"Kpn"。
Value format    "text"
Example         /rpt_family="Alu"
Comment         常用于限定修饰repeat_region,而不是它的组成成分repeat_units。


Qualifier       /rpt_type=
Definition      重复序列的组织形式。
Value format    tandem, inverted, flanking, terminal, direct, dispersed, and
                other
Example         /rpt_type=INVERTED
Comment         常用于限定修饰repeat_region,而不是它的组成成分repeat_units。对这些值的定义见Singer, M.  Int Rev Cytol 76, 67-112 (1982); Cell 26, 293-95 (1981); Hardman, N. Biochem J 234, 1-11 (1986)或更新的版本。


Qualifier       /rpt_unit=
Definition      组成repeat_region的重复单位。
Value format    <feature_label>  or  <base_range>
Example         /rpt_unit=Alu_rpt1
                /rpt_unit=202..245
Comment         用于描述组成repeat_region的重复单位的特征。


Qualifier       /sequenced_mol=
Definition      序列的分子类型。
Value format    "text"
Example         /sequenced_mol="cDNA to mRNA"
Comment         值限制在"cDNA", "cDNA to genomic RNA", "cDNA to mRNA",
                "cDNA to other RNA", "cDNA to rRNA", "DNA", "mRNA", "RNA",
                "rRNA", "scRNA", "snRNA", "tRNA".


Qualifier       /serotype=
Definition      根据抗原性而定的变种(通常是病毒和细菌)。
Value format    "text"
Example         /serotype="B1"
Comment         主要和source一起用。


Qualifier       /sex=
Definition      性别。
Value format    "text"
Example         /sex="female"

(责任编辑:泉水)
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