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中国核酸序列数据库使用手册(7)

时间:2005-09-30 09:13来源:中国核酸序列数据库 作者:bioguider 点击: 4915次

Parent Key            CDS

Organism scope        Eukaryotes

 


--------------------------------------------------------------------------------

Feature Key           LTR


Definition            长末端重复序列,一段序列在定义的序列两端颠倒重复,在逆转录病毒中常见

Optional qualifiers   /citation=[number]
                      /db_xref="<database>:<identifier>"                     
                      /evidence=<evidence_value>
                      /function="text"
                      /gene="text"
                      /label=feature_label
                      /map="text"
                      /note="text"
                      /partial
                      /standard_name="text"
                      /usedin=accnum:feature_label

 


--------------------------------------------------------------------------------

Feature Key           mat_peptide


Definition            成熟多肽序列或蛋白编码序列;为成熟或最终的多肽或蛋白产物的编码序列,并带有后翻译的修饰。这段序列不包括终止密码子(不象相应CDS)

Optional qualifiers   /citation=[number]
                      /db_xref="<database>:<identifier>"                     
                      /EC_number="text"
                      /evidence=<evidence_value>
                      /function="text"
                      /gene="text"
                      /label=feature_label
                      /map="text"
                      /note="text"
                      /partial
                      /product="text"
                      /pseudo
                      /standard_name="text"
                      /usedin=accnum:feature_label

 


--------------------------------------------------------------------------------

Feature Key           misc_binding


Definition            在核酸序列上可以共价或非共价的方式与另一半结合,且不能被任何其他的结合关键词描述(引物结合或蛋白结合)

Mandatory qualifiers  /bound_moiety="text"

Optional qualifiers   /citation=[number]
                      /db_xref="<database>:<identifier>"                     
                      /evidence=<evidence_value>
                      /function="text"
                      /gene="text"
                      /label=feature_label
                      /map="text"
                      /note="text"
                      /partial
                      /usedin=accnum:feature_label

Comment              注意关键字RBS被用于核糖体结合位点

 

 


--------------------------------------------------------------------------------

Feature Key           misc_difference


Definition            与其它存在的输入项不同的特征序列并且不能被任何其它的不同的关键词描述(conflict,unsure,old_sequence,mutation,or modified_base)

Optional qualifiers   /citation=[number]
                      /clone="text"
                      /db_xref="<database>:<identifier>"
                      /evidence=<evidence_value>                     
                      /gene="text"
                      /label=feature_label
                      /map="text"                    
                      /note="text"
                      /partial
                      /replace="text" 
                      /standard_name="text"
                      /usedin=accnum:feature_label

Comment              misc_difference应被用于描述作为遗传操作结果的变化(例如:位点直接突变)

 


--------------------------------------------------------------------------------

Feature Key           misc_feature


Definition           有生物学意义的区域,且不能被任何其它的特征关键词描述;一个新的或稀有的特征 

Optional qualifiers   /citation=[number]
                      /db_xref="<database>:<identifier>"                     
                      /evidence=<evidence_value>
                      /function="text"
                      /gene="text"
                      /label=feature_label
                      /map="text"
                      /note="text"
                      /partial
                      /number=unquoted text (single token)
                      /phenotype="text"
                      /product="text"
                      /pseudo
                      /standard_name="text"
                      /usedin=accnum:feature_label

(责任编辑:泉水)
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