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蛋白质组学鉴定数据库(PRIDE)

时间:2005-10-28 10:47来源:生命经纬 作者:bioguider 阅读:
        随着蛋白质组学领域的巨大发展,以及大量蛋白质信息的汇合,将这些信息进行整理以便于研究者们查找和共享资源显得越来越重要了。为了满足这个需要,欧洲生物信息研究所(European  Bioinformatics  Institute,EBI,位于英国剑桥)和法兰德斯大学校际生物科技研究所(the  Flanders  Interuniversity  Institute  for  Biotechnology,VIB,位于比利时)一道创建了蛋白质组学鉴定数据库(PRoteomics  IDEntifications  Database,PRIDE)http://www.ebi.ac.uk/pride/

        PRIDE提供了一个关于蛋白质识别的开源数据库(open-source  database),允许研究者们存储、分享并比较他们的结果。这个免费使用的数据库目的就在于通过集合不同来源的蛋白质识别资料,让研究者们能方便地搜索已经发表的、专家审阅的(peer-reviewed)、标准的数据。PRIDE与人类蛋白质组学研究组织的蛋白质组学标准先锋(Human  Proteomics  Organization's  Proteomics  Standards  Initiative;HUPO-PSI)紧密联系,允许使用者运用这套标准来传递数据。

        使用相同格式的数据,有利于简便地运用计算机工具分析、处理数据,例如,可以比较蛋白质在特定组织、不同疾病背景下的不同结构。最后,这个数据库将允许研究者研究蛋白质在很多的疾病中是如何被改变的,为新的诊断和预测方法铺平道路。

        开发者希望蛋白质组学研究团体(proteomics  community)能够接受PRIDE,用它来简便查找、利用蛋白质数据资源。大量的数据资料,包括HUPO的血浆蛋白质组计划(Plasma  Proteome  project)和人类的血小板蛋白质组数据,现在已经可以在PRIDE上方便使用了。相信,越来越多的数据库会加入到这个行列。(责任编辑:泉水)
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