核酸序列的一般分析流程

核酸序列的一般分析流程

1.1 核酸序列的检索
http://www.ncbi.nlm.nih.gov:80/entrez/query.fcgi?db=Nucleotide

1.2 核酸序列的同源性分析
1.2.1 基于NCBI/Blast软件的核酸序列同源性分析
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/blast.cgi
1.2.2 核酸序列的两两比较
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/bl2.html
1.2.3 核酸序列的批量联网同源性分析(方案)

1.3 核酸序列的电子延伸
1.3.1 利用UniGene数据库进行电子延伸(方案)
1.3.2 利用Tigem的EST Machine进行电子延伸
EST Extractor: http://gcg.tigem.it/blastextract/estextract.html
EST Assembly: http://www.tigem/ESTmachine.html
1.3.3 利用THC数据库对核酸序列进行电子延伸
http://gcg.tigem.it/UNIBLAST/uniblast.html

1.4 核酸序列的开放阅读框架分析
1.4.1基于NCBI/ORF finder的ORF分析
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/gorf.html

1.5 基因的电子表达谱分析
1.5.1 利用UniGene数据库进行电子表达谱分析（方案）
1.5.2利用Tigem的电子原位杂交服务器进行电子表达谱分析
http://gcg.tigem.it/INSITU/insitublast.html

1.6 核酸序列的电子基因定位分析
1.6.1 利用STS数据库进行电子基因定位
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/sts/epcr.cgi
1.6.2 利用UniGene数据库进行电子基因定位（方案）

1.7 cDNA的基因组序列分析
1.7.1 通过从NCBI查询部分基因组数据库进行基因组序列的分析(方案)
1.7.2 通过从NCBI查询全部基因组数据库进行基因组序列的分析
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/seq/page.cgi?F=HsBlast.html&&ORG=Hs
1.7.3 通过从Sanger Centre查询基因组数据库进行基因组序列的分析
http://www.sanger.ac.uk/HGP/blast_server.shtml

1.8 基因组序列的初步分析
1.8.1 基因组序列的内含子/外显子分析
http://www.bioscience.org/urllists/genefind.htm
1.8.2 基因组序列的启动子分析
http://www-hgc.lbl.gov/projects/promoter.html

1.9核酸序列的注册
1.9.1 EST序列的注册(方案)
1.9.2 较长或全长cDNA序列的注册(方案)
1.10待分析序列所对应的已知克隆的获取
http://image.llnl.gov

BY 楚布衣

(1) 如果是模式生物，包括人类，先用blast找出EST，然后拼出全长cDNA。
(2) 用cDNA去blast出来genomic DNA，然后用SIM4或者Spidey分析出exons, introns，也就是这个基因的结构.
(3) 用cDNA翻译出来的蛋白质作domain search，最好的地方是NCBI的CDD
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/cdd.shtml
(4) 对于蛋白，可以做各种各样的下游分析了。

by Dicty
(责任编辑：泉水)

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