Pymol 0.99 版是免费且公开源码的三维分子显示、动画、编辑程序(但现在的1.0版本开始收费)
PyMOL是Python解释语言程序，用于分子图形实时显示，快速产生高清晰度的分子图像和动画。
1. 优化的实时3D结构显示。
2. 八种不同的分子模型显示方式。
3. 读入标准的PDB，Macromodel，SDF，MOL，ChemPy格式文件。
4. 读入X-PLOR和CCP4图文件，用于产生电子密度等势面图。
5. 合并和拆分分子。
6. 输出PDB，Macromodel，ChemPy格式的文件。
7. 实时操作控制。
8. 距离测量，任意加入标签。
9. 裁减前后平面。
10.鼠标控制模型的显示和操作。
11.分子编辑工具。
12.晶体学对称性，以及显示单元晶胞。
13.球和表面的透明处理。
14.显示选择原子的电子密度。
15.分子重叠拟合。
16.OpenGL硬件加速。
17.不需要GUI的批处理工作模式。
使用指点（经楼主鉴定完毕！超棒）：
一、下载pymol0.99RC6(免费的最新版)并解压运行安装
二、所需PDB文件可从http://www.cbs.dtu.dk/services/CPHmodels-2.0 输入蛋白序列后得到，在结果输出页面的几乎最下方，有个model.pdb文件链接，下载保存即可。
注：如从pymol打开该文件，称有错误则可反方向操作：通过选择pdb文件－右键打开（方式）－选择pymol，应该能成功
您如果正向打开不成，就试一试反向吧！
三、《使用手册（英文版）》下载链接：
下载地址2