454测序新方法结合桑格方法完善测序过程

        来自纽约2月13日的消息，美国能源部联合基因组研究所（Department  of  Energy's  Joint  Genome  Institute，DOE  JGI）的研究人员表示认为在微生物基因组测序方面表现出巨大的潜力的454  Life  Sciences公司的测序仪（见快速基因组测序时代到来）虽然并不能完全取代传统的Sanger测序方法，但如果将这两种技术结合起来，就可以达到目前最佳的测序效果。

        454  Life  Sciences公司在2005年8月的Nature杂志上公布了他们开发的比传统Sanger测序方法快100倍的一种技术，这种方法之所以会如此之快，主要是由于其自动化的原因。整个过程从最初的DNA片段复制到测序，全部都是采用微流技术（micorfluidic  technologies），而且可以同时分析数以千计的DNA分子。相比而言，Sanger测序则要在每个步骤上花费许多时间和不同的技术。

        但是JGI的研究人员在认为微生物基因组测序中，454推出的Genome  Sequencer  20测序仪技术并不能取代以Sanger测序原理为基础的测序仪，这是因为Genome  Sequencer  20读出的片段较短（short  read  length），而且不能提供配对端点测序信息（a  lack  of  paired-end  sequencing  information，见p53研究里程碑：p53转录因子全基因组作用图）——可以通过Sanger方法获得，是已经得到证明的对于测序缺口连接（scaffolding  and  gap  closure）的重要测序信息（目前454也在准备另一种方法来补充配对端点的问题）。

        除此之外，454技术反应迅速的重要原因之一就是不需要任何克隆，但是这也造成了这一技术的一些缺陷：无克隆反应导致无法获得材料来覆盖序列缺口，而且在基因组测序完成过程中的一个重要部分就是补充低丰度区域，而454这一技术由于不需要克隆使得这一方面不能得以完善。

        由于以上的这些原因，因此JGI研究人员认为将这两种方法结合起来可以获得更有效和更快捷的测序结果，像Prochlorococcus  marinus  NATTL2A的基因组测序就是这样完成。目前研究人员证明将12X  coverage到  14X  coverage  的454测序与Sanger的  3X  到  5X  coverage结合起来是一种高效的方法（研究人员认为虽然454提供20  X测序，但是这种测序覆盖率实际上当读数与基准测序仪结合在一起的时候就是14X覆盖率，这是由于一些低丰度区域的影响）。

                         (责任编辑：泉水)

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