以放射性标记探针与固定在NC膜上的核酸进行杂交为例，杂交反应操作如下：
① 配制所需试剂
　　SSC溶液(20×)：3mol/L NaCl，0.3mol/L柠檬酸钠。
　　Denhardt's溶液(50×)：聚蔗糖5g，聚乙烯吡咯烷酮5g，牛血清白蛋白(BSA)5g加水至500ml。
　　预杂交液：6×SSC，5×Denhardt’s溶液，0.5％SDS，100?g/ml经变性或断裂成片段的鲑精DNA。
② 将含靶核酸的NC膜漂浮于6×SSC液面，使其由下至上完全湿润，并继续浸泡2分钟。
③ 将湿润NC膜装入塑料袋中，按0.2ml/cm2的量加入预杂交液，尽可能挤出气泡，将袋封口，置68℃水浴1-2小时或过夜。
④ 将双链探针做变性处理使成单链，即于100℃加热5分钟，然后立即置冰浴使骤冷。
⑤ 从水浴中取出杂交袋，剪去一角，将单链探针加入，尽可能将袋内空气挤出去，重新封口，并将杂交袋装入另一个干净的袋内，封闭，以防放射性污染。
⑥ 将杂交袋浸入68℃水浴，温育8-16小时。
⑦ 取出杂交袋，剪开，取出滤膜迅速浸泡于大量2×SSC和0.5％SDS中，室温振荡5分钟，勿使滤膜干燥。
⑧ 将NC膜移入盛有大量2×SSC和0.1％SDS溶液的容器中，室温漂洗15分钟。
⑨ 将NC膜移入一盛有大量0.1×SSC和0.5％SDS溶液的容器中，37℃漂洗30分钟至1小时。
⑩ 将NC膜移入一盛有新配0.1×SSC和0.5％SDS溶液的容器中，68℃漂洗30分钟至1小时。

取出滤膜，用0.1×SSC室温稍稍漂洗，然后置滤纸上吸去大部分液体，待做杂交信号的检测。