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科研资金申请中的重复资助问题一直备受关注。2001年，美国加利福尼亚大学旧金山分校的神经系统科学家Steven McIntire向美国国立卫生研究院（NIH）申请了一项为期5年、总计160万美元的资助，用于研究影响秀丽隐杆线虫对乙醇反应的基因。然而，就在5个月前，美国陆军已因一项极其相似的研究给予他120万美元的资助。两项研究均以秀丽隐杆线虫为模型，探讨酒精对人类影响的机制。McIntire辩称，两项资金的用途不同：陆军资金用于寻找抗乙醇基因，而NIH资金用于研究抑制酒精过敏的基因。但这一案例引发了关于如何有效筛选申请以避免重复资助的讨论。

弗吉尼亚理工学院的生物信息学者Harold Garner及其团队在《自然》杂志上发表评论文章指出，过去10年间估计有近7000万美元的重复资助。通过计算机化审查85万例授权申请，他们发现近1300例有重复申请嫌疑，经人工审查后确认167例极其相似。由于无法获取全部申请内容，他们未对这些授权定性，但将数据提交给《自然》新闻团队，后者通过美国自由信息法案（FOIA）检索到22例极度相似的课题，其中约一半需要进一步调查。Garner认为，计算机化审查有助于解决双重资金问题。

罗得岛大学负责监督授权申请的Karen Markin指出，电子化授权申请使科学家更容易从一份份申请中剪切和粘贴内容。美国国会也开始关注这一问题，审计总署责成NIH和国防部加强努力以避免重复资助。《自然》的调查揭示，美国机构既未证明如何审查申请的相似性，也未说明重复授权发生时的处理方式。机构回应称，它们有多种手段，包括要求研究员及其机构主动声明重复申请，以及同行审查过程有时能提前发现并制止重复授权。

NIH称，在McIntire的案例中，重复授权直到同行审查后才被发现。美国陆军直到2003年通过McIntire的进展报告才发现重复授权。McIntire认为，尽管项目初期存在重复，但随着开展已变得完全不同，两项授权带来额外增效作用，并无科研和财政重复。

监管困境在于，不同机构的规定错综复杂。NIH禁止任何重复科研，而国家科学基金会（NSF）要求研究者为相同项目向其他机构申请时需告知NSF，国防部则要求研究者确保不出现重复申请。伊利诺伊大学研究伦理学家C.K. Gunsalus指出，机构间规章制度大相径庭，实施也前后不一，导致混乱。例如，加利福尼亚大学戴维斯分校的Allen Gao申请到陆军资金研究前列腺癌雄激素受体信号后，其同事调整研究目的以获取NIH资金，但最终被认定为重复申请，资金减少75000美元。

研究者迫切希望机构明确可接受的行为。NIH解释，允许研究者在不作说明的情况下为同一项目同时向多家机构申请资金，因为这些信息仅在“最适时的”阶段才需要。一些研究者已遵循原则，如罗切斯特大学的Michael Zuscik为同一项目向陆军和NIH提交申请，但调整提纲以作区别。Zuscik用陆军资金检测尼古丁对老鼠骨折愈合的效用，用NIH资金检测吸烟在同一个过程的效用。然而，不同科学研究有时需要相同对照组，Zuscik认为严谨科研需要反复实验。

北卡罗来纳大学教堂山分校的地理学家Michael Emch指出，同一研究者构建的不同科研目标间不可避免地存在知识重复。Garner选取出Emch的两项授权，标题和提纲一模一样，审查全文发现研究假设和大部分方法描述相同。但Emch说，他并未让同一机构负担两项研究的开支，如人力成本和设备投入。他的研究项目广泛，NSF资金用于发展常规医学地理学研究方法，NIH资金则用于将该方法应用于霍乱研究。

Gunsalus指出，资金重复原因各异：大项目研究者可能将具体调查分离出来，以相似课题为每项调查申请资金；或者用种子资金开始项目，再尝试从其他机构继续获得种子资金。Garner坚持认为，机构需要对重复申请作出更统一的规范和定义，并呼吁建立授权申请中央数据库，以便自动标出重复申请。他重申：“资助金额平均在45万美元左右，因此花费精力调查申请以避免重复资助是值得的。”