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农业部批准发放3个转基因大豆进口安全证书，再次引发公众对转基因食品安全性的担忧，以及对国产大豆产业前景的忧虑。中国作为大豆的原产地，拥有5000多年的种植历史，但近十年来，国内大豆播种面积持续下降，进口转基因大豆大量涌入，对本土大豆产业造成巨大冲击。

国产大豆处境窘迫的原因是多方面的。中投顾问研究员郑宇洁指出，过度开放的大豆进口政策、低关税和无配额限制，加上转基因大豆的竞争力，导致国产大豆市场份额萎缩。同时，大豆种植经济效益低于玉米、水稻等作物，农户弃种现象普遍。中商情报网研究员刘萍强调，国产大豆产业链几近断裂，若被进口大豆全面替代，将威胁我国食用油安全，价格上也会受制于人。

为保护国产大豆，专家建议发挥其非转基因优势，发展高端产品和品牌，提升全产业链竞争力。刘萍建议将补贴覆盖至国产大豆全产业链，防止压榨企业破产停产。郑宇洁则强调，国产大豆应保障食品安全，以高于转基因大豆的价格定位高端市场。

转基因大豆的进口再次引发公众对食品安全和知情权的讨论。农业部此次批准的抗除草剂大豆CV127、抗虫大豆MON87701和抗虫耐除草剂大豆MON87701×MON89788三个品种，仅用作加工原料，不用于国内种植。专家认为，我国对转基因作物的种植应持谨慎态度，尤其是食用作物。同时，应加强转基因标识监管，保障消费者知情权，为非转基因产品提供公平竞争环境。

从市场影响看，转基因大豆进口证书的发放对大豆进口量影响有限，进口量主要由市场需求决定。2012年我国进口大豆近6000万吨，占消费总量的80%以上，国产大豆市场萎缩已成事实。郑宇洁表示，国产大豆萎靡与产业政策、其他作物竞争等多因素相关，转基因证书并非主因。刘萍则指出，我国大豆对外依存度高达80%，食用油行业安全受到严重威胁。

综上所述，保护国产大豆产业需从发挥非转基因优势、完善产业链补贴、加强标识监管等多方面入手，以应对进口转基因大豆的竞争，保障国家粮食安全。