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863计划优质超高产农作物培育重大专项通过分子标记辅助育种技术，成功应用于种质创新和新品种培育，显著提升了定向育种水平。该专项综合回交转育和分子标记技术，建立了水稻、小麦、玉米等主要农作物的聚合育种技术体系，通过滚动回交与标记辅助选择相结合的方法，成功选育出一批育种新材料和新品种。

在水稻方面，有效转移了抗白叶枯病基因Xa21，创制出含目的基因Xa21的恢复系中恢218和中恢8006，并选育出优质高产水稻新品种国稻1号、II优6号等。此外，首次选育出优质耐贮藏水稻新品系W017、富含γ-氨基丁酸的水稻新品种W025，以及低水溶性蛋白水稻新品种W3660。

在小麦方面，转移了抗条锈基因YrQz和YrT32，育成1个聚合优质（Bx14和Dx5）和抗条锈病（YrQz）基因的稳定小麦品系，培育的面包新品种科农213（1Bx14标记）已通过审定。

在玉米方面，转移了opaque2基因，选育出优质蛋白玉米自交系R60和R63，组配出两个杂交种中试401和中试308，已连续两年参加陕西省、山西省和天津市玉米区试。

通过专项的实施，全面构筑了我国农作物育种技术创新体系，整体提升了我国农作物育种和产业化水平，推进了我国农作物品种的更新换代，显著提高了我国重要农产品产量、品质、水肥能等资源的利用效率，提高了农产品转化效率和附加值，进一步增强了优势农产品的市场竞争力，成为保障国家粮食安全、促进农业增效和农民增收、推动农村经济健康发展的重大措施。专项成果对于在我国农业发展新阶段解决“三农”问题和构筑国家粮食安全和农民增收的长效机制将起到重要作用。