2012年是全球生物燃料发展较为温和的一年，投资增长和产能扩张速度相对放缓，技术仍处于从第一代生物燃料生产设备向生物精炼工厂的转型阶段。由于气候原因，特别是美国中西部地区持续干旱，玉米淀粉生物乙醇生产面临挑战，但生物柴油产量增长迅速。根据BiofuelsDigest网站的预测，2013年生物能源发展的五个关键趋势如下：
石油巨头聚焦天然气，先进生物燃料投资受影响
全球石油巨头曾是早期生物燃料产业的战略投资者，但过去一两年中，许多公司开始削减投资。BP于2012年10月撤掉了美国佛罗里达州的生物燃料商业化项目，将重点重新集中于研发。壳牌则削减了多个先进生物燃料项目的投资预算，将商业化重点全部集中在巴西与Raizen的合资企业。国际能源署（IEA）预测未来25年是天然气发展的黄金时代，一些专家甚至认为天然气将取代石油成为运输部门的主要燃料。尽管短期内难以大规模建设天然气基础设施，但在廉价天然气时代，相对成本较高的生物质转化技术将面临价格挑战，因此2013年石油巨头在生物燃料领域的投资可能不会显著增加。
生物精炼工厂产能不足
尽管生物精炼厂的安装产能预计达到383亿加仑，但实际产量仅为3.7亿加仑。近年来，新生物精炼厂的建设速度迅速下降，从2008/2009年的30个降至2012年的不到10个。全球生物燃料消费量的增长对先进生物燃料生产提出了挑战。2013年，生物精炼行业的产业化发展可能继续下滑，面临更多行业并购和政策调整，高附加值生物化学品的生产和设备改造将是主要发展方向。
绿色柴油继续引领生物燃料发展
2013年，可再生柴油生物炼制占总生物炼制产能的50%以上。在先进生物燃料转化途径中，脂肪和油脂的加氢转化技术是最常用的技术平台，新生产设施更经济且易于规模化。根据公开数据，生物柴油成本约为2-4美元/加仑，而热化学转化法生产的纤维素燃料成本约10美元/加仑。目前，生物柴油主要用于美国小型汽车，重型汽车和航空燃料是绿色柴油的下一步发展方向。
城市生活垃圾和工业废气项目持续发展
在先进生物燃料原料中，废弃物最具发展潜力。城市废弃物和工业废气产业受益于研发投资激增，美国、中国、印度等国已建立跨国合作。Ineos生物公司、Fulcrum生物能源公司和Lanza技术公司是领域领先者，均已实现规模化生产。Ineos的Vero Beach设备是城市废弃物处理的重要里程碑，证明了生物乙醇与规模化生物发电联产的可能性。若项目证实经济性，将吸引更多投资。Lanza技术公司专注于亚洲市场，已与中国和印度建立伙伴关系，2013年将继续推进亚太地区的合作与商业化。
从安全到可持续发展
原料可持续性的质疑不断影响区域政策对生物燃料的支持，如欧盟的可再生能源指令和美国加州的低碳燃料标准。此外，随着西半球石油和天然气矿产的发现，专家预测世界能源及地缘政治格局将改写。尽管石油价格上涨影响全球经济复苏，但美国和巴西等为能源安全而发展生物燃料的国家，其生物燃料产业可能出现萎缩。可持续发展仍是2013年生物燃料与其他燃料的关键区别。