2006年12月5日下午，科技部召开了第二批国家实验室建设启动会，会议确定了近期即将启动的10个国家实验室。其中，“蛋白质科学国家实验室”指定由中国科学院牵头，依托生物物理研究所建设。这一决定既是对生物物理研究所前期筹备工作的充分肯定，也对其下一步工作提出了严格要求：在蛋白质科学国家实验室的建设过程中，必须准确把握定位，既要面向世界科学前沿，又要致力于为我国蛋白质领域相关行业的发展提供有效支撑。