大规模全基因组关联研究（GWAS）已成为人类基因组学中的重要工具，主要关注疾病相关的基因变异，同时也涉及肤色等适应性变异。最近，这种方法被发现同样适用于植物研究。Atwell等人报告了对自然出现的近交系拟南芥中超过100种基因型进行的GWAS研究。他们的研究结果从“有显著关联”（通常指单个基因）到“较难解读的发现”不等，这表明复杂遗传因素与种群结构之间的交互作用。

另一篇由Todesco等人发表的相关论文展示了GWAS在检测“主要影响”基因位点方面的能力。通过正向遗传学和GWAS分析，他们发现拟南芥中单一位点（ACD6）上的变异是导致植物生长及抗感染能力表现型变异的原因。由该位点上的一个等位基因所调控的显著增强的抵抗力，解释了其在全球自然种群中持久存在的原因，尽管这会显著减少新叶的生成。