中医证候基因组学是一门交叉学科，旨在通过功能基因组学的方法，探讨证候的形成机制和基因表达的变化。要实现中医证候与功能基因组学的完美交叉，需要做到三个统一：整体与局部的统一、经验与实验的统一、理论与实践的统一。

整体与局部的统一：中医证候的形成是先天体质与后天环境共同作用的结果，是机体对疾病的整体反映。因此，我们需要从一个机体或一个组织、一个细胞等不同层次“整体”的基因角度来揭示和阐明中医证候形成与发展的基本规律。

经验与实验的统一：目前，对于证候的评价有八纲辨证、脏腑辨证、经络辨证、气血津液辨证、六经辨证、卫气营血辨证等。但是，由于中医证候的辨证标准尚不统一，各学者的辨证观点不尽相同，因此，在主观上对同一疾病得出不同的辨证分型就在所难免。中医证候基因组研究，可以利用基因芯片等技术，发现不同证候基因表达谱之间的差异，探索是否在调控、修饰疾病的相关（易感）基因表达及表达产物上发挥着重要作用。

只有在临床中将二者结合起来，相互促进才能有助于中医药的现代化。通过中医证候基因组学研究，我们可以更好地理解中医证候的本质，揭示其形成机制，开发新的治疗方法，推动中医药的发展和创新。