脑磁图（MEG）和脑电图（EEG）是神经科学中广泛使用的非侵入性脑功能成像技术，具有毫秒级的时间分辨率，能够动态捕捉大脑认知过程的神经活动。然而，如何从头皮表面记录的信号准确推断大脑内部的电活动分布，即所谓的源定位或逆问题求解，是神经电生理分析中的核心难题。
Brainstorm是一个由南加州大学与法国国家健康与医学研究院联合开发的开源MEG/EEG分析平台，专注于提供从数据导入、预处理、源定位到统计分析和可视化的完整工作流程。其基于图形用户界面，极大地方便了医学和心理学背景的研究者使用，无需依赖命令行操作。
Brainstorm的核心功能包括：
- 完整的分析流程：支持多种数据格式导入，涵盖预处理、滤波、伪迹去除、事件相关电位分析、源定位及统计分析。
- 多样化的源定位算法：包括最小范数估计（MNE）、标准化LORETA（sLORETA）、动态统计参数映射（dSPM）、Beamformer等先进方法。
- 与FreeSurfer无缝集成：可利用FreeSurfer生成的高分辨率皮层表面模型作为源空间，提升定位精度。
- 交互式三维可视化：支持皮层激活图、时频分析图、功能连接矩阵等多维度展示。
- 基于MATLAB开发：所有功能均可通过MATLAB脚本扩展，满足高级用户定制需求。
系统要求：
- MATLAB R2018b及以上版本，需安装Image Processing Toolbox和Statistics and Machine Learning Toolbox。
- 建议配置至少16GB内存以保证数据处理流畅。
- 独立显卡虽非必需，但有助于提升三维可视化性能。
安装与配置：
- 访问Brainstorm官方网站下载最新版本（约500MB压缩包）。
- 解压至无中文路径的目录（如C:\brainstorm3）。
- 启动MATLAB，切换至Brainstorm目录，在命令窗口输入
brainstorm启动软件。 - 首次启动时，设置数据库存储路径（建议非系统盘），选择默认在线数据库镜像（USC服务器），并下载解剖模板（如ICBM152、Colin27）。
对于不便本地安装MATLAB的用户，EBRAINS平台提供Brainstorm的云端托管版本。用户可登录ebrains.eu，进入Collaboratory，添加Brainstorm应用，启动预装软件的远程桌面会话。云端与本地版本功能一致，区别仅在于数据存储位置。
核心概念：Protocol
在Brainstorm中，Protocol是管理实验项目的最高层级单位，包含三类数据：
- Anatomy：用于构建头模型的MRI解剖数据。
- Functional：功能性脑电/脑磁数据，如MEG、EEG、SEEG等。
- Study：将功能数据与特定解剖条件关联的分析步骤。
创建Protocol的步骤：
- 点击菜单栏“File” → “Create new protocol”。
- 为Protocol命名（例如“Auditory_N170”）。
- 选择默认解剖模板，推荐使用“ICBM152”。
本教程后续章节将详细介绍数据预处理、事件标记、源模型构建、源定位算法选择、统计分析及结果可视化等关键步骤，助力科研人员高效开展MEG/EEG数据分析。