鼠脑（小鼠、大鼠）是神经科学研究中最常用的模式动物。
? 一、2006年原版资源回顾（历史存档）
以下为原文中提到的经典资源，部分至今仍可访问：
| 资源名称 | 原链接 | 2026年状态 | 说明 |
|---|---|---|---|
| Synapse Web | 原链接失效 | 可访问（需搜索） | 波士顿大学突触结构与功能实验室，含电子显微镜图像和3D模型 |
| High Resolution Mouse Brain Atlas | 原链接失效 | 已被整合 | 高分辨率小鼠脑图谱，现多整合至Allen Institute平台 |
| BrainInfo | http://braininfo.rprc.washington.edu | ✅ 正常运行 | 华盛顿大学神经名称数据库，含人、猴、大鼠、小鼠 |
| The Mouse Brain Library | 原链接失效 | ⚠️ 部分功能受限 | 现为“Whole Brain Catalog”，但资源已不活跃 |
| Cranial Nerves | 原链接失效 | — | 脑神经解剖资源，建议使用替代资源 |
?️ 二、2026年核心推荐平台
1. Allen Brain Atlas（艾伦脑图谱）—— 首选资源
访问地址：https://portal.brain-map.org
艾伦脑科学研究所提供的系列图谱是当前最全面、最权威的鼠脑资源，涵盖多个层面：
| 工具/数据库 | 功能 | 适用场景 |
|---|---|---|
| Allen Mouse Brain Atlas | 原位杂交（ISH）基因表达数据 | 查询特定基因在小鼠脑中的表达模式 |
| Allen Mouse Brain Connectivity Atlas | 示踪剂注射的神经环路投射数据 | 研究脑区之间的连接关系 |
| Common Coordinate Framework (CCFv3) | 3D标准坐标框架 | 将数据配准到统一空间 |
| ABC Atlas | 单细胞转录组空间图谱 | 查询细胞类型分布和基因表达 |
| MapMyCells | 细胞类型分类工具 | 将新数据映射到参考分类体系 |
? 特色数据：Mouse Whole Brain Atlas包含约400万个细胞的单细胞RNA测序数据，聚类为5,322个细胞类型，并配有MERFISH空间定位数据。
2. EBRAINS siibra-explorer —— 3D交互式图谱
访问地址：https://atlases.ebrains.eu/viewer
由欧盟人脑计划（Human Brain Project）开发，支持小鼠、大鼠、猕猴、人类多个物种。
核心功能：
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交互式3D脑区浏览（可旋转、缩放）
-
多模态数据整合（结构连接、功能连接、细胞密度、基因表达）
-
支持Python接口（siibra-python）进行编程访问
3. DANDI Atlas Explorer —— 连接数据与图谱
访问地址：https://about.dandiarchive.org （工具链接在博客中）
DANDI Archive最新发布的3D脑图谱浏览器，将DANDI数据库中的神经生理学数据集直接映射到Allen CCF小鼠脑图谱上。
特色功能：
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按脑区查看可用的公开数据集
-
3D电极位置可视化
-
数据集覆盖445个脑区，48个dandisets，数据每日自动更新
适用场景：实验规划前查看某个脑区是否已有公开数据，避免重复工作。
4. BrainInfo（经典资源，持续运行）
华盛顿大学国家灵长类研究中心维护，自1991年运行至今。
包含内容：
-
NeuroNames：3000+神经结构的标准英文名称、缩写及21,000+同义词，支持8种语言（含拉丁语）
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NeuroMaps：小鼠和猕猴脑的3D数字图谱系统
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涵盖人、猕猴、大鼠、小鼠四个物种
✅ CC许可：内容采用Creative Commons BY 4.0许可，可下载、引用和传播，需标注来源。
? 三、资源对比与选择建议
| 平台 | 物种 | 核心优势 | 适合人群 |
|---|---|---|---|
| Allen Brain Atlas | 小鼠为主 | 基因表达、神经连接数据最全 | 分子/环路神经科学研究者 |
| EBRAINS siibra | 人/猴/大鼠/小鼠 | 3D交互可视化，多模态整合 | 需要直观展示的研究者 |
| DANDI Atlas Explorer | 小鼠 | 数据集空间导航，电极定位 | 电生理/成像研究者 |
| BrainInfo | 人/猴/大鼠/小鼠 | 神经解剖命名标准化 | 文献撰写、解剖定位 |
根据任务选择
| 任务 | 推荐资源 |
|---|---|
| 查询某基因在小鼠脑中的表达 | Allen Mouse Brain Atlas |
| 寻找某个脑区的公开电生理数据 | DANDI Atlas Explorer |
| 制作3D脑区示意图 | EBRAINS siibra-explorer |
| 确认脑区标准命名和缩写 | BrainInfo NeuroNames |
| 单细胞测序数据的空间定位 | Allen ABC Atlas |
| 将自有数据配准到标准脑 | Allen CCF + MapMyCells |
? 四、其他有用资源
| 资源 | 链接 | 说明 |
|---|---|---|
| Brain Architecture Project | RRID:SCR_004283 | 脑结构知识整合门户，含文献挖掘和连接组数据 |
| Allen Brain Atlas API | RRID:SCR_005984 | 编程访问艾伦图谱数据，支持RESTful API |
| Waxholm Space | — | 国际标准的小鼠脑空间坐标系统 |