2011年英国皇家学会发表报告称，中国在国际科学期刊上发表的论文已经位居全球第二，论文引用率从1999年到2003年和2004年到2008年两个时期只有0和4%，与美国同期36%和30%相比，差距巨大。这说明，我国现在只能说是一个论文大国，还远远称不上学术强国；而要实现学术强国的目标，笔者认为，必须破除学术领域不合理的制度安排，规范科研秩序。

　　重塑学术的独立性

　　举国体制下的科研机制有其独特的时代背景，以行政为中心的科研资源分配与评价机制制约了我国科研的活力和创造性。去行政化的核心是将学术的决定权返还于学术自身，而不是取消科研管理和科研人员的研究级别。去行政化的关键是消除行政管理体系中长官意志对于学术的束缚，重新树立学术领域的自我管理机制，避免教授争处长的尴尬局面。

　　学术的独立来自于对于科学和真理的追求。独立的思想来源于独立的思考，独立思考的前提是研究的独立。所以有人说，一个大学校长的任务可以归结为“五子登科”，为教职员工解决“票子、房子、车子、面子和孩子”问题，免除科研人员的后顾之忧，为其创造一个专注于学术的环境。正如美国等国家大学校长的职责一样，其主要任务是通过自身影响力为学校筹集资金。

　　重塑学术的独立性，关键要建立学术的自我管理机制。学术的自我管理来自于学术边界的确定，以及基于学术规律的一整套制度设计。目前，国内许多大学和科研院所都在进行改革，但因为是基于政府系列的层级制度进行的，不仅制约了学术自我管理的内在动力，而且因其对学术资源的垄断，滋生了一些制度性的学术腐败。

　　改革学术收入分配机制

　　在市场经济条件下，待遇改变观念，收入水平不是衡量成功的唯一标准，但却是引导职业选择的重要因素。在现行工资机制下，基本工资并不能保障科研人员的生活开支，也不能反映知识的价值。在学术研究领域，高学历人群聚集，他们所受教育时间长，付出的时间成本高于其他社会群体，但其收入水平与其前期付出不成正比，于是不得不到处拉项目、找课题，通过课题经费补贴生活费用。在某种意义上，研究经费成了工资的另外一种发放形式，而且成为收入中的大头；为了合理地获得劳动报酬和避税，还引起诸如假发票等问题。在找课题的过程中，掌握课题经费的中间人或学术掮客，可以将课题发包给其他人做，而真正撰写报告的科研人员只不过是建筑工地上的泥瓦匠。同时，那些真正用心做学问的人不仅难于发表学术成果，且会因缺乏关系而被逐步边缘化。