1. Molscript
用于绘制具备出版质量的大分子示意图

http://www.avatar.se/molscript/molscript.html
在下面网址填写姓名，电邮，单位地址，即可下载
http://www.avatar.se/molscript/academic_license.html
其可执行格式是为SGI的IRIX工作站预备的，
我们下载其原代码格式（source code, document.tion, Makefiles ）

在RedHat Linux 8.0下
% ln -s Makefile.basic Makefile
或 % cp Makefile.basic Makefile
% cd /usr/local/molscript
% make
编译通过

具体过程请参考其帮助文档

利用Bloodshed Dev-C++ 附带的win32版gcc编译器可编译出win32版的molscript和molauto

使用方法：
% molauto pdb1crn.ent > input.file
% molscript -ps < input.file > output.ps

2. POV-Ray
for rendering photorealistic three-dimensional graphics.

windows版8M左右

我们可以通过mol2mol, povchem, 或molpov
http://web.interware.hu/frenzy/mol2mol/index.html
http://web.interware.hu/frenzy/mol2mol/index.html
2M 试用30天

http://www.chemicalgraphics.com/PovChem/ ftp://ftp.chemicalgraphics.com/pub/chemicalgraphics/povchem-PC.zip
约1M  共享软件，需注册

http://www.chem.ufl.edu/~der/der_pov2.htm
http://www.chem.ufl.edu/~der/MP2install.exe
免费，

将pdb文件转换为pov文件，用POV-Ray渲染
效果相当好，推荐使用mol2mol, 转换速度快.