博士后制度自1985年实施以来，已培养了9万多名博士后，其中35位当选为院士。然而，在“2012首届中国博士后院士论坛”上，多位院士表示，当前博士后制度面临诸多挑战，包括招募困难、就业压力、去向问题、待遇差异以及科研资助不足等。

多位院士指出，由于就业压力大，很多博士生毕业后首选找工作，而不是进入博士后流动站。中国工程院院士赵宪庚表示，很多博士生找到满意的工作后就不愿意做博士后了。中国科学院院士焦念志认为，这种现象不利于年轻人专注于科研。

博士后出站后的去向也是一个难题。中国工程院院士苏义脑指出，早期的博士后没有去向问题，但现在由于各单位指标受限，导致博士后出站后难以找到合适的工作。焦念志建议，可以通过机制创新，为博士后提供更多机会和支持。

'土博士后'与'洋博士后'的差别待遇也是一个突出问题。中国科学院院士武向平以身边实例说明了这种差别待遇对人才的负面影响。中国科学院院士张希建议，应给予国内外博士后同样的认同和待遇。

此外，博士后科研基金资助的数量和强度不足也是一个亟待解决的问题。郭东明院士表示，目前博士后研究基金数量少、强度低，建议加强资助并强化博士后的科研与国家重大需求的结合。张希建议，在国家科研项目中增加博士后的专项预算。

孙建立表示，目前中央财政对博士后事业的投入累计每年达到6亿多元，包括博士后日常经费、博士后科学基金资助和博士后国际交流经费。