来自美国哥伦比亚大学和同济大学的研究人员开发了一种名为PrePPI的计算方法，能够基于三维结构信息在全基因组范围内预测蛋白质-蛋白质相互作用。该研究成果发表在《自然》杂志上，为解析蛋白质间的几何关系提供了新工具。

研究的第一作者是哥伦比亚大学的张强峰博士，同济大学电子与信息工程学院的博士生邓磊也参与了研究。通讯作者为哥伦比亚大学计算生物与生物信息中心主任Barry Honig教授，他是美国科学院院士和HHMI研究员。

蛋白质相互作用研究对于揭示蛋白质功能、理解细胞活动如生长发育、新陈代谢、分化和凋亡等至关重要。在全基因组水平识别蛋白质相互作用对是阐明细胞调控机制的关键步骤。

尽管高通量实验方法能够产生大量蛋白质相互作用数据，但错误率较高，且验证所有可能的相互作用对成本高昂。PrePPI方法利用蛋白质的三维结构信息，通过同源建模和几何关系分析，实现了高精度和高覆盖率的预测。

研究表明，基于结构信息的预测方法在准确率和覆盖度上显著优于基于非结构信息的方法。PrePPI整合了多种功能线索，其预测结果可与高通量实验相媲美。