澳大利亚多个州对基因改良作物的种植存在模糊或临时性的限制。近期，基因改良棉籽油进入澳大利亚市场引发了公众的广泛关注。

美国加州大学的昆虫学家Rick Roush指出，基因改良棉花籽油通常主要用于快餐食品，但许多州认为棉籽油不应作为植物油出售。他强调，认为棉花不是植物油的观点毫无根据，因为烹饪用油中约40%来自棉花籽。

尽管公众对棉籽油仍存疑虑，澳大利亚棉花种植者声称基因改良作物对农业和环境有益。据估计，目前新南威尔士州和昆士兰州90%的棉花农场种植的是基因改良棉花。

澳大利亚棉花种植协会主席Geoff Hewitt表示，基因改良作物在澳大利亚已种植近7年，最初规模较小，但由于其对病虫害有较强防御能力，现已大规模种植。他认为这将是全球农业的发展趋势，不仅限于棉花种植业。

目前，澳大利亚基因技术管理办公室（OGTR）已颁发34个基因作物试验性种植许可证。在新南威尔士州、塔斯马尼亚州、西澳大利亚州、昆士兰州和维多利亚州，基因改良作物的种植试验正在进行中。

自1996年以来，基因改良棉花一直在澳大利亚种植，是目前唯一获得商业生产许可的基因农作物。