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RNA测序解析白血病转录组

时间:2014-03-02 15:07来源:测序中国   作者:未知 点击: 242次


巴塞罗那基因组调控中心Dr.Roderic Guigó领导研究团队,对慢性淋巴细胞白血病进行了转录组分析,获得了CLL相关基因和突变的功能图谱。这项工作发表在Genome Research杂志上。

这一项目是西班牙慢性淋巴细胞白血病基因组联盟的最新成果,该联盟曾鉴定了涉及CLL发展的主要突变,但当时他们还不清楚这些突变的功能。

白血病是一种造血系统的恶性肿瘤,俗称“血癌”,是最常见的恶性肿瘤之一。白血病按细胞分化程度可分为急性和慢性两大类。根据受累的细胞类型,又可以分为粒细胞、单核细胞、淋巴细胞白血病等。其中慢性粒细胞性白血病(CML)占13%,急性粒细胞性白血病(AML)占28%,慢性淋巴细胞白血病(CLL)占30%,急性淋巴细胞白血病(ALL)占13%,其他不典型的占17%。

慢性淋巴细胞白血病CLL起病缓慢,在这种疾病中一些免疫功能不全的淋巴细胞发生了恶性的增生。CLL在欧美白种人中比较常见,患者的发病年龄大多在50岁以上,30岁以下的患者很少见。这种疾病的主要表现是全身淋巴结肿大,脾大,贫血及外周血中淋巴细胞异常增多。

CLL的临床和生物学表现差异很大。全基因组测序或全外显子组测序可以为人们揭示CLL中的主要突变,而RNA测序能为人们展示CLL的转录谱。在这项研究中,研究人员对98名患者的白血病细胞和健康B淋巴细胞,进行了深度RNA测序。

他们发现在CLL和正常B细胞之间,有数千个转录元件发生了差异性的表达,其中包括蛋白编码基因、非编码RNA和假基因。转座元件在CLL中全面摆脱了细胞对它们的束缚。此外,有两千个基因表现出CLL特异性的剪切模式。研究显示,CLL中涉及代谢通路的基因得到了更高水平的表达,而剪切体、蛋白酶体和核糖体相关基因被明显下调。

在此基础上研究人员将CLL患者分为两个亚类,一组在较长时间之内不需要治疗,而另一组则需要迅速进行治疗。进一步分析显示,这两组患者之间的差异,来自于淋巴结微环境中的B细胞受体激活。

“我们在对基因组进行功能性分析的基础上,区分了两个不同的CLL患者群体。在这两组患者之间CLL的侵袭性差异很大。理解这种差异背后的分子机制,可以帮助人们为CLL患者提供更个性化的治疗,”Dr.Guigó说。

(责任编辑:泉水)
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