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circRNADb:首个汇总编码蛋白环状RNA的数据库

2016-10-19 15:06 南京医科大学李岩团队 Scientific Reports 阅读 0
核心摘要: 2016年10月11日,南京医科大学李岩团队在《Scientific Reports》上发表了首个汇总编码蛋白环状RNA的数据库circRNADb。该数据库收录了32,914条人类外显子环状RNA记录,包含基因组位置、RNA编辑、IRES元件、预测ORF等信息。研究发现16,328条环状RNA包含编码超过100个氨基酸的ORF,其中7,170种存在IRES元件,为环状RNA的翻译功能研究提供了重要资源。

2016年10月11日,Nature出版集团子刊《Scientific Reports》在线发表了南京医科大学李岩团队的一项重要环状RNA研究成果,他们开发了首个汇总可编码蛋白的环状RNA的数据库:circRNADb(Chen et al., 2016)。

circRNADb:首个汇总编码蛋白环状RNA的数据库

该数据库共收录了32,914条人类外显子环状RNA记录,每条记录均包含基因组位置信息、RNA编辑情况、对应的基因组序列、IRES序列元件、预测的开放阅读框(ORF)以及相关参考文献。研究发现,有16,328条环状RNA包含编码超过100个氨基酸的ORF,其中7,170种环状RNA存在IRES序列元件,基本符合翻译蛋白的特征(Chen et al., 2016)。

IRES是内部核糖体进入位点(internal ribosome entry site)的缩写,是一种能够募集核糖体并实现核糖体组装和后续阅读框翻译蛋白的RNA调控元件。ORF是开放阅读框(Open Reading Frame)的缩写,指对应于蛋白氨基酸序列的密码子序列,从起始密码子ATG开始,到终止密码子结束。值得注意的是,并非每个ORF都能翻译出蛋白质,还需要上游的核糖体募集组装以及一些翻译调控元件,IRES就是其中一类特殊的调控元件。

数据收集与整理方法:作者系统汇总了已发表的环状RNA相关组学研究报道,将超过两条正确比对(mapping)的Reads作为有效的环状RNA。本文参考的背景研究工作包括:Jeck et al. (2013), Memczak et al. (2013), Salzman et al. (2012), Guo et al. (2014), Zhang et al. (2014), 以及Ivanov et al. (2015)等。

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