CRISPR–Cas系统是近年来兴起的一种高效的基因编辑技术，具有广泛的应用范围，其中就包括功能基因筛选。人们可以建立一个单链向导RNA（sgRNA）的库，用其中的sgRNA去靶向作用于多种基因的编码区域，然后再以所研究功能相关的目标表型对结果进行评估，从而找到与该功能相关的基因。

这一策略利用了细胞中倾向于产生差错DNA修复途径——非同源性末端接合(NHEJ)，通过CRISPR–Cas系统在目标基因片段中制造DNA双链断裂，是细胞采用NHEJ进行修复，最终在原断裂位点留下插入/缺失突变。对于编码蛋白的基因，少数碱基对的加入或去除便可能带来移码突变、错义突变等严重影响蛋白正常功能的因素，最终反映在表型上。