近日,中国科学院昆明动物研究所罗雄剑课题组和姚永刚课题组合作,开发并构建了精神分裂症的遗传数据库SZDB。该研究成果发表于《精神分裂症通报》(Schizophrenia Bulletin)。
精神分裂症是一种严重的精神疾病,其病因目前仍不清楚,但遗传因素和环境因素在疾病发生中发挥重要作用。SZDB数据库整合了多层面的精神分裂症相关数据,包括遗传研究数据、基因表达数据、蛋白相互作用网络数据、大脑表达数量性状位点(eQTL)数据以及单核苷酸多态性(SNP)功能注释数据等。通过对这些数据的整合与分析,研究人员可以鉴别出重要的精神分裂症候选基因,为疾病机制研究和药物靶点发现提供支持。
SZDB主要包括三大模块:
(1)搜索模块:支持常规检索功能,如SNP检索和基因检索,方便用户快速获取特定遗传变异或基因的信息。
(2)分析和工具模块:提供多种分析功能,包括共表达分析、蛋白相互作用网络分析、eQTL分析等,用户可进行个性化数据分析。
(3)基因模块:收录了各种与精神分裂症相关的遗传数据,如全基因组关联研究(GWAS)数据、拷贝数变异(CNV)数据、连锁分析数据等。
与领域内已有的数据库相比,SZDB的独特之处在于引入了个性化分析模块(Analysis & Tools),用户可以通过该模块进行定制化的分析,如eQTL分析、蛋白相互作用分析和共表达分析,从而更深入地挖掘数据背后的生物学意义。
该数据库的建立为精神分裂症的遗传学研究提供了重要的数据资源和分析平台,有助于推动精神分裂症的病因探索和精准医学发展。