作者：Bob Yirka , Medical Xpress

 

癌症基因组中 rREs 的全基因组检测。a, 在 29 种人类癌症类型的 2509 名患者中识别 rREs 的方法方案：1、头颈部鳞状细胞癌（Head-SCC）；2、皮肤黑色素瘤；3、胶质母细胞瘤（CNS-GBM）；4、髓母细胞瘤（CNS-Medullo）；5、趋向性星形细胞瘤（CNS-PiloAstro）；6、食管腺癌（Oeso-AdenoCA）； 7、骨肉瘤（Bone-Osteosarc）； 8、白肌肉瘤（Bone-Leiomyo）； 9、甲状腺腺癌（Thy-AdenoCA）；10、肺腺癌（Lung-AdenoCA）； 11、肺鳞癌（Lung-SCC）； 12、乳腺腺癌（Breast-AdenoCA）；13、B 细胞非霍奇金淋巴瘤（Lymph-BNHL）； 14、慢性淋巴细胞白血病（Lymph-CLL）； 15、急性髓细胞白血病（Myeloid-AML）； 16、骨髓增生性肿瘤（Myeloid-MPN）；17、胆道腺癌（Biliary-AdenoCA）； 18、肝细胞癌（Liver-HCC）； 19、胃腺癌（Stomach-AdenoCA）； 20、胰腺腺癌（Panc-AdenoCA）；21、胰腺神经内分泌肿瘤（Panc-Endocrine）； 22、结直肠腺癌（ColoRect-AdenoCA）； 23、前列腺腺癌（Prost-AdenoCA）；24、嗜铬肾细胞癌（Kidney-ChRCC）；25、肾细胞癌（Kidney-RCC）；26、乳头状肾细胞癌（Kidney-pRCC）；27、子宫腺癌（Uterus-AdenoCA）；28、卵巢腺癌（Ovary-AdenoCA）；29、膀胱过渡细胞癌（Bladder-TCC）。b, rREs 在不同癌症类型中的分布 c, 有 rREs 的癌症基因组比例 d, 有和没有 rRE 的癌症基因组的 STR 突变率双尾 Mann-Whitney 检验（n = 2,465 个癌症基因组）；NS，不显著。方框从第 25 个百分位数延伸到第 75 个百分位数，中线代表中位数，须线代表最小值和最大值。 e, rREs 在 MSS 和 MSI 高癌症中的分布。经耶茨校正的卡方（双尾）检验（n = 2,482 个癌症基因组）。来源：《自然》（2022 年）。DOI: 10.1038/s41586-022-05515-1

一个由美国和加拿大研究人员组成的研究小组发现了人类癌症基因组中多个重复扩增的证据。他们在发表于《自然》（Nature）杂志的论文中描述了在国际癌症基因组联盟（International Cancer Genome Consortium）和癌症基因组图谱（The Cancer Genome Atlas）小组维护的数据库中搜索人类肿瘤中重复扩增的情况。

 

研究人员指出，DNA序列中的串联重复（TR）与50多种遗传性疾病有关。他们还指出，对特定 TR 影响的大多数研究仅限于不涉及癌症的神经退行性疾病或神经系统疾病。

 

尽管如此，之前的一些研究表明，短痕量TR序列中已知会发生一些突变，这被归因于微卫星的不稳定性。在这项新的研究中，研究人员仔细研究了癌症肿瘤中TR序列之间的关联。

 

研究人员首先搜索了国际癌症基因组联盟（International Cancer Genome Consortium）和癌症基因组图谱（The Cancer Genome Atlas）数据集，寻找二十多种癌症的肿瘤DNA中的体细胞重复扩增。研究人员发现了 160 个复发性重复扩增（rRE）。他们注意到，除5个重复扩增外，其他所有重复扩增都可能是癌症亚型的特异性，经常出现在卵巢癌、肾癌和肺癌等多种常见癌症中。

 

研究人员还对他们在原始搜索中发现的两种癌症细胞系进行了全基因组长测序和短测序--他们使用Expansion Hunter Denovo (EHdn)来测量TR长度。结果表明，肿瘤组织中约 72% 的重复扩增是在长读序列中。

 

研究人员还注意到，之前对一种名为 Syn-TEF1 的分子进行的研究发现，它可以减少某些神经系统疾病的 TR，这促使他们对其在几种癌症类型中的应用进行了测试。这导致了细胞增殖的减少。他们认为，这一发现表明，原本用于治疗与TR有关的神经系统疾病的其他分子或疗法也可能有助于治疗某些癌症。