2017年10月23日，国务院公布《国务院关于修改部分行政法规的决定》，对15部行政法规的部分条款予以修改，其中包括《农业转基因生物安全管理条例》。此次修改旨在依法推进简政放权、放管结合、优化服务改革，对行政审批项目涉及的行政法规进行清理。修改内容涉及删去2条、修改5条，主要调整了农业转基因生物安全评价和进口管理的相关程序。

具体修改包括：删去原条例第十六条第二款第二项，并将第四项改为第三项，修改为“（三）国务院农业行政主管部门规定的试验材料、检测方法等其他材料”。同时，第十六条第三款修改为：“国务院农业行政主管部门收到申请后，应当委托具备检测条件和能力的技术检测机构进行检测，并组织农业转基因生物安全委员会进行安全评价；安全评价合格的，方可颁发农业转基因生物安全证书。”这一调整简化了申请材料要求，并明确了安全评价的流程。

此外，删去第二十二条（原关于转基因生物标识的条款），但标识管理仍由其他法规规定。第三十三条改为第三十二条，对境外公司向中国出口农业转基因生物用作加工原料的申请条件进行了细化，要求提交试验材料、检测方法等，并经检测和安全评价合格后方可获证。第三十五条改为第三十四条，简化了过境转移的合规要求。第三十六条改为第三十五条，删去“国家出入境检验检疫部门”的表述。删去第四十九条（原处罚条款），第五十一条改为第四十九条，修改为：“违反本条例规定，进口、携带、邮寄农业转基因生物未向口岸出入境检验检疫机构报检的，由口岸出入境检验检疫机构比照进出境动植物检疫法的有关规定处罚。”

此次修改体现了政府对农业转基因生物安全管理的持续优化，在保障安全的前提下，简化行政审批程序，促进农业科技发展。