计算机模型揭示核糖体装配蛋白质过程

在最近发表的两项研究报告中，科学家利用柔性装配分子动力学(molecular  dynamics  flexible  fitting  ,MDFF)的方法，详细描述了核糖体和延伸因子(EF-Tu)以及tRNA相互作用装配蛋白质的过程，这两篇文章分别发表在《Proceedings  of  the  National  Academy  of  Sciences》和《Structure》杂志上。

由于X-射线晶体衍射(X-ray  crystallography)只能获得静态的单个分子的高分辨率图片，而低温电子显微镜(cryo-electron  microscopy  ,cryo-EM)能获得两个或多个分子动态相互作用的低分辨率的图片，因此，研究人员结合X-射线晶体衍射和低温电子显微镜两种方法获得的数据，利用MDFF方法进行分析。

在第一项研究中，研究人员发现核糖体与EF-Tu能识别并和携带正确的氨基酸的转运RNA(tRNA)相互作用，这种相互作用使氨基酸能够成功的添加到延伸的蛋白质链中，这对蛋白质成功装配有重要作用。第二项研究发现，当核糖体开始翻译一种膜蛋白时，需要与SecY膜通道蛋白连接。

研究人员根据核糖体蛋白质复合体(ribosome-protein  complexes)的晶体结构建立了计算机原子模型，然后将该模型与低温电子显微镜下获得的“电子云”图像信息通过计算机进行整合，对SecY蛋白中270万个原子的运动情况进行了跟踪模拟，SecY蛋白是一种细胞膜蛋白，能够捕捉核糖体并引导新形成的蛋白质向一定方向移动。研究人员称，这个计算机原子模型将是迄今为止公开发表的最大的一个模型。（编译：高芳） (责任编辑：glia)

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