2011年英国皇家学会发表报告称，中国在国际科学期刊上发表的论文数量已位居全球第二，但论文引用率在1999-2003年和2004-2008年两个时期分别仅为0%和4%，远低于美国同期的36%和30%。这表明我国目前仅是论文大国，远非学术强国。要实现学术强国目标，必须破除不合理的制度安排，规范科研秩序。

重塑学术的独立性

举国体制下的科研机制有其时代背景，但以行政为中心的科研资源分配与评价机制制约了科研活力与创造性。去行政化的核心是将学术决定权归还学术自身，而非取消科研管理或研究级别。关键在于消除行政管理中长官意志对学术的束缚，重建学术自我管理机制，避免出现教授争处长等尴尬局面。

学术独立源于对科学和真理的追求。独立思想来自独立思考，而独立思考的前提是研究独立。因此，大学校长的任务可概括为“五子登科”：为教职员工解决票子、房子、车子、面子和孩子问题，免除后顾之忧，创造专注学术的环境。正如美国等国家大学校长的职责，主要通过自身影响力为学校筹集资金。

重塑学术独立性，关键是建立学术自我管理机制，这需要明确学术边界，并基于学术规律设计制度。目前国内许多大学和科研院所的改革，因基于政府层级制度，不仅制约了学术自我管理的内在动力，还因垄断学术资源而滋生制度性学术腐败。

改革学术收入分配机制

在市场经济条件下，待遇影响观念。收入水平虽非唯一成功标准，却是职业选择的重要因素。现行工资机制下，基本工资无法保障科研人员生活开支，也不能体现知识价值。高学历人群教育时间长、时间成本高，但收入与前期付出不成正比，导致他们不得不四处拉项目、找课题，以课题经费补贴生活。研究经费实际上成为工资的另一种发放形式，且占收入大头。为合理获得报酬并避税，还引发假发票等问题。在找课题过程中，掌握经费的中间人或学术掮客可将课题转包，而真正撰写报告的科研人员如同建筑工地的泥瓦匠。同时，潜心做学问者不仅难以发表成果，还会因缺乏关系而被边缘化。