2011年8月17日，中科院院士增选初步候选人名单公布当天，饶毅在博客上发表简短声明，宣布不再担任候选人。这位前美国西北大学神经病学讲席教授、现北大生命科学学院院长在完成这一“蓄谋已久”的动作后，表现出与自己打赌胜利的俏皮，也透露出在系统外自立门户的悲壮。
饶毅在办公室对《中国新闻周刊》记者解释其初衷：“也许这样做了，对改变风气有一定促进作用。”声明末尾注明“2011年3月5日写，2011年8月17日添加日期”，这一细节显示，早在5个月前，他就预判自己无缘院士荣誉。作为神经科学家，饶毅以隐含的幽默展示了自己的预言能力。
“中国科学院选举是各个学部分开来，生物学里面在讨论的时候就分组，分成宏观生物学、微观生物学和医学。那些反对者集中在微观生物学里面，局部很容易有很大的阻力。”饶毅说，“我不能等到真的发生的时候再写，那可能情绪化。我原来写得挺长的，中间改短了。”声明提前写好，存在电脑里未发表，除他本人外无人知晓。“绝不给任何人说，要是提前说了等于威胁别人了。”
按照《中国科学院院士增选工作实施细则》，推荐院士候选人包括院士推荐和归口初选部门推荐两种途径，不受理本人申请。饶毅属于教育部推举的“归口初选部门推荐”。他最初得知被推选时并未拒绝，因为拒绝意味着对院士制度的彻底否定，以及与有知遇之恩的老一辈院士恩断义绝。饶毅心中，老一辈科学家如林可胜、冯德培、邹岗等人秉承良好学术传统，有的获得世界性认可，有的曾为他撰写推荐信。
之后程序正常展开：各学部常委会组织通信评审和会议评审，按学科专业划分为不少于15人的评审组，院士对有效候选人评审打分，7月5日前寄送选票，7月15日前确认打分结果，8月5日汇总选票，15日前确认初步候选人并向社会公布。此时，饶毅从公开渠道得知自己出局。此前作为圈内人，他陆续听到风声，“别人找我说的时候，我就听一听，但我不提问。”他对记者说，“中国有一部分人，总想把别人搞下去，踩别人一脚。总有人认为他是趴着进去的，你就会和他一样也趴着进去。”
清华大学生命科学学院院长施一公表达“不理解”：“为了更好地在中国鼓励科技创新，保持创造力、学术活力，应该提倡把学术水平及科学贡献与科学家的个性和做事方式分开，要给有个性的科学家提供宽松的空间。”中国科学院拒绝对此发表评论，宣传处表示“只是行政管理部门，对外发表观点恐怕不合适，可能会影响院士们的民主投票”。一位曾多次参与院士增选工作的资深院士表示，“没有所谓的上级部门或上级领导出来有意引导的事情”，优秀科学家落选，“撞车”或许是原因之一：“如果在评审时同一个学科上有两个候选人，可能两人的得票就相差一两票，但因为名额所限，也会导致其中一人落选。”
有人为饶毅鸣不平，认为是他一贯的“大嘴巴”惹来麻烦。但饶毅笑着摇头：“我可能话多一点，这可能是一个因素，但不是唯一的。不说话的照样被冷藏、被打压。”所谓“大嘴巴”，是指他时常直截了当地批评中国科研经费制度和科学界的浮躁气氛。最著名的事件是2010年9月3日，饶毅与施一公联合在《科学》杂志上发表文章，指出“中国政府投入的研究经费以每年超过20%的比例增加，从理论上讲，它应该能让中国在科学和研究领域取得真正突出的进步，与国家的经济成功相辅相成。而现实中，研究经费分配的严重问题却减缓了中国潜在的创新步伐。这些问题部分归结于体制，部分归结于文化……在中国，为了获得重大项目，一个公开的秘密是：做好的研究，不如与官员和他们赏识的专家拉关系重要。”文章配图为一叠百元大钞，刺痛了某些国内同行。今年院士增选中，施一公进入下一轮，而饶毅落选，引发公众对比。
施一公仍乐于直言：“真正地把学术水平以及对中国的科学贡献作为最主要的评价标准，而不应该把一些似是而非的因素作为主要评价标准。饶毅是我国改革开放以来在美国取得终身讲席教授职位后第一个全职回国工作的生命科学领域的科学家。早在1995年，饶毅就开始帮助中国的生命科学发展，在中科院上海神经所的创建和后来的北京生命科学研究所的建设中都做出了重要贡献。”
2007年，饶毅辞去美国教职，全职回国担任北京大学生命科学学院院长。此前他留学、工作于美22年，顺风顺水：哈佛大学博士后、美国西北大学神经科学研究所副所长，不久升任讲席教授。回国被媒体赋予“中国梦”色彩，甚至与钱学森、郭永怀的回国相提并论。他决定放弃美国国籍，引起《纽约时报》关注。但回国四年后，他坦言：“当时对回国后可能面临的状况想到了一点。对于中国人在背后的小动作没想到有那么多。我觉得人应该有自尊，不应该那么过分。”这位以研究果蝇、小鼠“打架斗殴”和“求偶、失恋”为乐趣的科学家，很难彻底弄清中国科学同仁如何争夺资源，此次落选“就是一个例子”。
中科院对媒体称“饶毅落选的具体原因不是很清楚”。饶毅本人认为这是一次系统性警告：“如果你看名单上排名谁在前、谁在后就会知道，对有海外做教授经历的是全面打压，不止我一个。”但他并不想彻底否定院士制度：“它的存在有它的道理，而且还要存在很久。”
近年来，院士遴选因与社会事件牵涉而引发关注。在“饶毅事件”之前，有“段振豪事件”：这位今年首轮被推荐为院士候选人的研究员，因涉嫌用学术经费“包二奶”而受关注。公众倾向于把饶毅看作牺牲品，气愤的网友认为是他不同流合污的姿态惹恼了主流学界。但饶毅比“鸣冤团”理性：“院士制度的存在是有道理的，有没有问题？当然有。但是总体上是好的。这就像高考，里面肯定有问题，但是如果没有这个制度，还有更好的吗？”他认为院士制度最大价值是与强大的行政权力对抗：“中国的行政权太强，院士制度树立了一批学术权威。这些学术权威说话的时候，行政力量就会收敛一点，有所顾忌。”
大众的打抱不平似乎偏离靶子，饶毅认为更深层原因在于中国文化：“中国人在合作方面是非常不好的，这才是真正的问题。有些人为了得到院士这样的‘金身’，趴着也要进去，拍马屁也要进去。但是他们不去想，如果一个团体中有的人是夹着尾巴进来的，那么你作为团体中的一员，也是没有自尊的。”他观察到，真正品行恶劣、最会溜须拍马的，反而是有过国外工作经验的年轻人：“他们刚回来，年资低。听别人说在中国就得这样，他们就赶快去做，变本加厉。反而国内老资格的科学家大都是有自尊的。”很多人热衷于晋升院士，并非看重“副部级待遇”或腐败，更多是院士的终身制荣誉：“一旦得到，这个是拿不掉的。而且院士可以再去选下届的院士，很多人为此而对你卑躬屈膝。有少数人滥用权力，把院士名声搞坏了。但是大多数院士还是有自尊的。”
虽然出局，饶毅仍算理性：“中国院士选举大致还可以，出错率可能比诺贝尔奖还低一点。我的事属于搞得太明显了。”他表态是为了证明给年轻学者看，“不做院士照样可以挺起腰杆”。他一直在博客上向国外华裔学者介绍中国科研制度，希望能有更多人回国工作。落选后的高调回应也有向海外同仁鼓劲的意思：“这件事最大的影响就是国外有些正教授、博士后不敢回来了。他们会想，饶毅已经被‘群殴’一次了，我的名头还没他高，那自己不是也得被‘群殴’吗？我就是要出来说，落选没关系。得让他们有勇气回来，告诉他们不是回来就一定要拍马屁的。”他乐于把自己类比为坚持一夫多妻的辜鸿铭和致力于复辟封建王朝的王国维：“北大总会出这种古怪教授。我这个古怪还比较轻微。”他决定把自己的落选当作一次试验：“等以后我和一位学术与人品都不怎么样的院士出现在一个场合，你看看那些年轻人怎么表现，是冲着那位院士多笑笑呢，还是多听听我讲呢？这将很有意思。就让他们入‘虎穴’吧，我在外面看着。”