首页 | 家园 | 百科 | 下载 | 书库 | 仪器 | 展会 |人才 | 公司 | 网址 | 问答 | 论坛 | 注册 | 通行证登录 | English

生物行

生物行   进展 | 摘要 | 人物 | 医药 | 疾病 | 技术 | 健康 | 能源   生物航   供应 | 求购 | 公司 | 展会 | 要发布
论坛   神经科学 | 神经系统疾病 | 实验技术 | 求职招聘 | 器材试剂 | 文献检索 | 读书笔记 | 考试招生 | 软件使用
当前位置: 主页 > 神经科学 > 基因组 >

韩春雨团队基因编辑技术取得新突破

时间:2016-05-11 18:40来源:光明日报   作者:未知 阅读:

韩春雨团队基因编辑技术取得新突破

    近日,河北科技大学副教授韩春雨研发出了基因编辑新技术NgAgo-gDNA,其成果发表在英国《自然·生物技术》上,尽管这种技术尚处于初期阶段,但其潜力有望超过近来被看作诺贝尔奖热门的美国CRISPR-Cas9技术。

    目前,学界公认最先进的基因编辑方法是CRISPR-Cas9,这种方法由美国麻省理工学院的华人科学家张峰等人拥有专利,能够实现对基因较为精准和高效的编辑,被认为是遗传研究领域的革命性技术。但CRISPR-Cas9也存在一些不足,例如易形成“脱靶”,即gRNA与靶DNA序列之间存在错配,向导RNA容易形成二级结构等。

    河北科技大学生物科学与工程学院韩春雨团队的研究表明,来自格氏嗜盐碱杆菌的一种Argonaute蛋白作为一种核酸内切酶,在向导DNA的引导下,能够在人体细胞中进行基因组编辑。相较于Cas9-sgRNA,NgAgo-gDNA具有更大的优势,规避了令人头痛的脱靶效应,且向导设计制作简便,可编辑基因组内任何位置,对游离于细胞核内的DNA具有更高的切割效率。

    韩春雨团队发明的新一代“基因剪刀”,让基因编辑技术实现精准、简单操作,大幅降低了基因编辑门槛。“Cas9的‘取材’范围有限,NgAgo的优势之一,就是大大扩充了基因编辑的取材范围。”韩春雨介绍,“在新技术帮助下,地球上大部分生物的基因都可成为基因编辑工具,这意味着基因编辑技术受限更小,便利性更大。”

    据悉,韩春雨团队的发明成果是我国首个“中国创造”的尖端生物技术,打破了外国基因编辑技术的专利垄断。《自然》杂志执行主编尼克·坎贝尔评论说:“虽然这项新技术还处于初期,但有一些理由让我们相信它与现在普遍使用的CRISPR-Cas9技术相比有多种优势,特别是在更精准的基因编辑方面。”北京大学理学部主任、生物学家饶毅教授如此评论:“韩春雨的工作是国际一流的技术推进。”

    在韩春雨眼中,河北科技大学提供的独特环境,是他取得先进成果的重要因素,“比如学校提供的住房,距我的实验室骑自行车只需5分钟。还比如,学校提供的资金支持、设备支持以及宽松的环境,都确保我能够专心科研。而对一位科学工作者而言,能够静下心做自己最感兴趣的工作,是最幸福的事情。”

    教师发展中心主任朱文众介绍,为了促进青年教师的成长,河北科技大学对有创新意识的青年教师,给予低职高聘,韩春雨虽然是副教授,在校内却享受教授津贴。同时,学校对青年教师的科研资助力度也不断加大,韩春雨在2007年作为杰出引进人才获得了学校的第一批学科建设项目资助,2011年再次获得学科建设项目重点资助。韩春雨感慨:“像我这样的副教授拥有专门实验室,在全国高校恐怕都不多呢。”

“特立独行的驴子”一鸣惊人

    在介绍5月2日河北科技大学副教授韩春雨作为通讯作者在国际顶级期刊《自然·生物技术》杂志上发表研究成果一事时,两家知名专业微信公众号的标题不约而同地选择了“一鸣惊人”这个词,其中之一的微信公众号“知识分子”是由知名学者饶毅、鲁白、谢宇创办。

    对于韩春雨团队的科研成果,河北科技大学生物科学与工程学院网站撰文称:该科研成果找到了对基因组位点编辑范围更广的基因编辑工具。该工具完全不同于以RNA为向导的CRISPR/Cas9基因编辑技术:这种从古细菌来源的Argonaute,利用短链DNA作向导,真正实现了对基因组的任意位置进行切割,将基因编辑的可能性推入了更广泛的境地。

    在业内知名专家纷纷对该成果表示关注和期望的同时,韩春雨团队引发的“眼球风暴”也从专业领域迅速向互联网蔓延,“韩春雨”成为“新晋”网络高频词。

    5月9日下午,在位于河北科技大学中校区的韩春雨实验室——此次“风暴”的中心却是另一番景象:将手机调成静音,在一张脱了漆的办公桌上,韩春雨用一套颇为讲究的旧茶具泡了一壶茶。

    针对一些网友对河北科技大学非“985”“211”的学界“地位”和自己“副教授”身份的热议,这位苦笑着称自己迅速变“网红”的42岁科技工作者调侃道:“我可不是‘野鸡大学’的‘草根学者’”。

    说起自己就职的河北科技大学,韩春雨表示,这是河北省一座“正在崛起”的大学。

    1974年出生于石家庄的韩春雨,和登上过央视“百家讲坛”的河北大学知名教授韩田鹿是亲兄弟。

    本科毕业于河北师范大学的韩春雨,2000年在中国农业科学院获得硕士学位,2003年在中国协和医科大学师从强伯勤院士和袁建刚教授,并获得博士学位。

    2005年年底,在中国协和医科大学读博士期间,作为第一作者,他曾在《核酸研究》NAR期刊上发表过科研成果。在此后的十多年里,他只作为通讯作者发表过两篇中文论文。“那只是为了学生有需要发表的论文。”在韩春雨看来,5月2日发表的科研成果才是他学术生涯第二篇论文。

    “我搞科研目的要单纯一些。”对于自己至今依然是“副教授”职称,韩春雨表示,并非学校不重视自己,而是因为自己不想为评职称和申报基金花费时间,“哪有副教授像我有这么大的实验室?”

    到河北科技大学工作后,他曾成为该校生物科学与工程学院首位“国家自然科学基金”获得者,随后也获得过一些各级科研资金的支持。

    韩春雨坦言,开始此次科研时,他手中有可支配科研资金30多万元,原本以为够了。“够用就好!”他强调。可没想到做的时间比预期要长,所花费用也比预期要多。目前他还欠试剂公司30多万元。“项目开始前学校已有资金支持。”他解释说,以个人名义为科研欠款,“只是个人的自我要求”——不想在成果出来前再向学校伸手,并不是学校不支持。

    韩春雨认为,一名科研工作者最重要的品质是对科学的热爱,“但谈爱不是一件容易的事”。

    韩春雨至今还是一个无房户,一家三口住在学校提供的58平方米的住宅里。而他刚到河北科技大学任教时,学校原本给他提供了130多平方米的新楼房。但他看重了如今这套旧住宅离自己实验室只有5分钟自行车车程的便利,于是婉拒了。“够用就好!”韩春雨再次强调。

    没有留学背景的韩春雨,坐在实验室一个短了一条腿的小转椅上,通过互联网时刻关注着学术前沿的最新动态。有学生笑称,他的实验室就是少林寺的“藏经阁”,而他本人就是那个轻易不出手的武林高手——扫地僧。

    他经常对学生说:“我们和诺贝尔奖得主都是通过互联网关注科技前沿,但结果不同。”70后的他会借用周星驰电影《喜剧之王》的经典台词抛出自己的“梗”:关键要看一个科技工作者的“自我修养”。

    熟悉韩春雨的人知道,除了足球,他最热爱的运动就是长跑。而早在读硕士研究生时,韩春雨就被同学叫作“特立独行的驴子”。

  编者按:

  “河北科技大学在哪里?”“韩春雨是何方神圣?”

  最近几天,中国生物学界沸腾了。其中有世界著名的生物学家、也有年轻研究员、活跃的研究生,大家议论纷纷。近年国际上因为基因修饰技术而激烈争议谁应该得诺奖,而来自河北科技大学、名不见经传的副教授韩春雨的工作打开了新局面——不是说他会得诺奖,而是有可能他发明的基因修饰新技术会替代现有技术而成为最实用的,更为重要的是:这一发现具有带来技术和产业变化的潜能。

  令国人激动的是,韩春雨在河北科技大学条件不好、经费缺乏、人员很少的情况下做出的研究优于世界一流的麻省理工、哈佛、斯坦福。《知识分子》主编、北京大学教授饶毅将韩春雨推介给编辑部,在此我们特别刊出专访,以飨读者。

  撰文 | 陈晓雪、王承志、程莉

  责编 | 李晓明

  ● ● ●

  今年5月2日,韩春雨与合作者的文章终于发表了——先被《科学》(Science)审稿小半年后拒稿,后历时9个月终被《自然生物技术》(Nature Biotechnology)接收。

  接下来的几天里,他每天都要收到几十封、甚至上百封来自同行的邮件,但并不是每封都能及时回复。

  “因为实验室人手有限,处理不过来那么多邮件,还望同行海涵。”《知识分子》第一时间联系上了韩春雨,电话那端的他满是歉意。

  而此刻,新的基因编辑技术引起国内同行的热切关注,人们纷纷追问:“谁是韩春雨?”

  01

  更精确,效率更高

  今年42岁的韩春雨是河北科技大学的一名副教授,因为这篇新发表的工作“一鸣惊人”。

  简单地说,韩春雨团队发明了一种新的基因编辑技术(NgAgo-gDNA),适合在人类细胞中基因组编辑,不同于已有最时兴的技术(CRISPR-Cas9)。后者通过RNA寻找替换序列,而新技术通过DNA作为介导寻找替换目标。

  NgAgo是Natronobacterium gregoryi Argonaute这一短语的简称。韩春雨团队就是利用格氏嗜盐碱杆菌(Natronobacterium gregoryi)的Argonaute实现了DNA引导的基因组编辑,并发现NgAgo作为一种DNA介导的核酸内切酶,适合在人体细胞中进行基因组编辑。

  Argonaute作为一个核酸内切酶家族,最早由荷兰瓦赫宁恩大学(Wageningen University) 的约翰-范德欧斯特(John van der Oost)研究组证明这一家族的同源蛋白酶活,可以有效地利用单链脱氧核糖核酸作为短介质,去相对精准地切割基因组靶点。

  范德欧斯特的这一发现开启了基因组工程的一个新篇章,因为之前的大多数基因组工程研究是基于RNA的(CRISPR-Cas9、TALEN等,锌指蛋白是基于DNA的但是没有实现可编码的优势),哈佛大学分子与细胞生物系副研究员段昕认为,“这一进展给大家引入了一个新的思路去进一步改造”。

  目前世界各个实验室最为流行的基因编辑工具是CRISPR-Cas9。从原理上来说,早期的DNA编辑技术是通过蛋白(如锌指蛋白)来寻找需要替换的序列,而Cas9则是通过RNA(引导RNA,即gRNA)来寻找替换的序列,由于比操作蛋白质简单得多,Cas9技术得以迅速被广泛使用。

  但是,Cas9需要19个配对的碱基,并且要求在需要编辑的基因组上这19个碱基后面必须紧邻一个符合一定特征的三碱基序列(PAM序列),这在一定程度上限制了gRNA的设计,而NgAgo–gDNA系统不需要PAM序列,拓宽了其设计范围。

  NgAgo结合24个碱基的gDNA,这比Cas9的gRNA(19个碱基)要长5个碱基,理论上其精确性要提高1024(4的5次方)倍。DNA编辑相当于在一本书中的某个位置找到一个单词将它替换成另一个单词,并且要保证书中其它地方的单词不被替换。显而易见,如果替换的是the这样的简单单词,那么可能从书中找到多个地方,而找pneumonoultramicroscopicsilicovolcanoconiosi这样的单词则不太可能找错。

  韩春雨团队的研究还发现,NgAgo–gDNA系统对向导序列-靶序列错配容忍度很低。gDNA上任何一个碱基的变换都会降低NgAgo的切割效率,如有三个错配则使其完全失活。这在另外一个机制上提高了NgAgo使用的精确性,特别是一些富含GC序列的地方,NgAgo系统比Cas9系统效率更高。

  NgAgo的gDNA需要5’端磷酸化的单链DNA (5p-ssDNA),这种形式的DNA在哺乳动物细胞中几乎不存在,这保证了NgAgo不会被内源的DNA序列错误带到不该去的地方。该系统的另外一个优点是5p-ssDNA是外源转化进细胞的,其时间和浓度可以非常精确地控制。而Cas9系统的gRNA是内源表达的质粒,难以精确地控制。

  韩春雨团队在论文中还介绍,与Cas9相似,Argonautes在基因表达抑制及抵御外源核酸中起关键作用。但是,Argonautes在许多方面不同于Cas9。比如,Cas9只存在于原核生物中,而Argonautes在进化过程中保守,存在于几乎所有生物体中;尽管大多数的Argonautes结合单链(ss)RNAs,在RNA沉默中起重要作用,一些Argonautes却可以结合ssDNAs并切割靶DNA;正确的Cas9结合要求向导RNA必须有一个3′RNA-RNA杂化结构,而Argonaute结合则不要求特异的一致的向导RNA二级结构;Cas9只可以切割PAM上游的靶序列,而Argonaute不要求靶序列上存在特异的序列。当Argonaute与向导序列结合时,它们可以影响彼此的生物化学特性,并作为一个整体起作用。

  “因此,从理论上说,NgAgo的脱靶率更低”,韩春雨告诉《知识分子》。

  02

  “幸好NgAgo足够给力”

  1974年出生的韩春雨是石家庄人,他本科毕业于河北师范大学,这是一所位于石家庄的高校,也是他父母任教的地方。

  1995年,韩春雨来到北京,先是在中国农业科学院攻读硕士学位,后在中国协和医科大学(中国医学科学院)接受博士研究生训练,2003年获得博士学位。此后的他,并没有寻找教职,而是在协和的实验室继续一项关于“人类Bex2与LMO2相互作用、调节新型DNA结合复合物的转录活性”的研究,2005年该结果发表在《核酸研究》(Nucleic Acids Research),韩春雨为第一作者,这篇文章也成为他科研生涯中具有标志性的成果。

  2006年,32岁的韩春雨离开北京,回到了石家庄,在河北科技大学担任教职。十年后,韩春雨发表了他独立研究生涯以来最为重要的工作。

  韩春雨的研究方向是真核基因表达调控,特别是和肿瘤相关的基因,以及表观遗传相关蛋白,RNA的功能研究,例如,长非编码RNA的功能及其他。近些年基因编辑技术,尤其是CRISPR-Cas9的不断完善,深刻地影响到整个生命科学领域,韩春雨的实验室也用上了CRISPR-Cas9这一工具,他本人也一直在关注基因编辑领域的进展,有过一些想法,但并没有下决心动手。

  促使韩春雨真正动手的是2014年年初的两篇文献,其中一篇是范德欧斯特研究组发表在《自然》(Nature)杂志的关于“DNA-guided DNA interference by a prokaryotic Argonaute”。这篇研究显示,TtAgo(Thermus thermophilus Argonaute)能以DNA为模板切DNA。段昕介绍,范德欧斯特工作的局限性在于他们实验所需要的温度在65-75摄氏度,这使得很多实验不能在生理条件(哺乳动物在37摄氏度左右)下完成。

  当时,北京大学的一位研究员得知范德欧斯特的研究后非常兴奋。他判断,TtAgo可以发展为一个更简单的基因编辑工具,并产生了一个想法:哺乳动物中是否在特定时期或特定细胞中存在类似现象,比如决定细胞分化或抗体形成的过程。不过,他的实验室在合成了人源密码子优化的TtAGO 后,尝试了几次切GFP序列,却以失败告终。

  几乎在同一时间,韩春雨的实验室进展则十分顺利,“大概是两个月就有结果出来了”。

  段昕介绍说,韩春雨团队做的,就是进一步搜寻Argonaute的同源蛋白。幸运的是,大量的已知大型测序数据给了他们很多有效的帮助,找到并进一步证明了来自不同菌株格氏嗜盐碱杆菌的Argonaute同源蛋白可以在生理条件下实现类似的功能。“韩的工作把系统进一步优化,而且使得短介导DNA的准确性和识别长度有了重大突破。”段昕说。

  北京大学生命科学学院研究员魏文胜课题组也想尝试DNA介导的Argonaute,但TtAGO的特点是工作温度比较高。“这篇文章比较聪明,还是走对了路,没有研究如何使高温才能工作的酶通过构象改变达到降温,而是找到这样一株可以在37度工作的Argonaute。” 魏文胜告诉《知识分子》。

  之后,韩春雨一边向《科学》杂志投稿,一边和实验室的几个学生一起完善结果。他说,当时文章最主要的结果是NgAgo确实可以做基因编辑工具,但“审稿人要求的比较完美”,来回审了小半年之后,“最后被拒了”。

  2014年秋天,韩春雨跟沈啸提起自己正在做的NgAgo的工作,提出了几个候选的工具。“这么好的课题和想法,我当然全力支持并加入了”,沈啸向《知识分子》回忆道。

  沈啸是浙江大学医学院基础医学系研究员,此前他在中国协和医科大学博士毕业前一年,与韩春雨合作了发表在《核酸研究》的论文。2003年博士毕业以后,沈啸在美国Emory大学从事博士后研究,2008年开始担任美国Cedars-Sinai Medical Center的研究员科学家,2013年被聘为助理教授,2015年入选浙江大学“百人计划”。

  在被《科学》拒稿后,韩春雨和实验室的学生继续补充实验,而沈啸在项目和实验设计上提供建议,他们发现了更多关于NgAgo的特性。

  “幸好NgAgo也比较给力,发现它是one-guide faithful的。”韩春雨笑着说。

  2015年6月3日,这篇仅有五人署名的文章的被投往《自然生物技术》,9个月之后,文章被接收,今年5月2日在线发表。

  03

  “文章发出来是好事,也是坏事”

  在整个生物界唯强大的CRISPR-Cas9马首是瞻的时代,韩春雨的这一发现引发了诸多媒体和同行的热情关注。

  有评论认为,“(如果)未来中国任何一所普通的科研院校都能出现这种激动人心的科研成果,那么中国的科研实力才是真正的达到世界领先水平”。

  国内关注生物行业的媒体评价说,“该成果核心为一项替代目前通用的Cas9的基因组编辑新技术,这一成果打破了国际基因编辑技术的垄断”。

  韩春雨表示对此评价不敢苟同,他认为,NgAgo–gDNA系统和Cas9都为基因编辑应用提供了更好的工具和多样化的选择,各有各的用处。

  沈啸向《知识分子》表示,他对NgAgo可以取代Cas9 的评价持谨慎态度,“最客观的说法是找到了新的基因编辑工具”。

  沈啸说,Cas9基因编辑系统有点复杂,每当把它某一个劣势用某种技巧修正后,使之特性更高、更有效,就会是一篇很好的论文,每进行一个改良,就是一篇CNS的论文。“大部分人包括一些科学家可能自然而然受一种权威的影响,Cas9太强大了,大家都把目光集中在Cas9上,想怎么磨这把刀,把它做得更好更漂亮。”

  正是因为Cas9太热,很多人就忽视了去寻找更好的甚至先天就可以规避这些问题的工具。前述北京大学的研究员告诉《知识分子》,2014年的时候,他们也在做TtAGO的实验,但部分因为依赖Cas9而放弃继续研究Argonaute 。“学生觉得不太靠谱,而实验室里其他人Cas9 用得十分熟练,都觉得没有必要再换了,我也没有坚持,”他不无遗憾地说。

  韩春雨团队的工作已经证实了一个新的、有自己特点和优势的基因编辑工具,但是如何利用它,找到它更多的特性,还有很多工作要做。

  “我和韩春雨现在是非常非常急迫的心理,文章发出来是好事也是坏事,好事是这项工作让大家知道了,坏事是大范围的竞争,我们的工作是不是能赶上趟,继续做下去,是不是我们中国的科学家还能继续报道它,”沈啸说,国外的很多实验室设备条件非常强,“我们没法比,他们一上来做的话,很多东西会很快出结果。”

  04

  石家庄的四人实验室

  无论是在微信圈还是海外华人的论坛,人们不约而同地将韩春雨和麻省理工学院博德研究所的核心研究员张锋联系起来。1981年出生的张锋同样来自石家庄,他以在基因编辑领域的诸多贡献而被人们所熟知,包括首次报告了CRISPR-Cas9在哺乳动物体基因组编辑中的应用,找到更小的Cpf1蛋白来替代Cas9酶。

  与韩春雨一直在国内接受科学训练、从事研究不同,张锋有海外学习的背景,更有在知名实验室研究的经历。11岁那年,张锋随母亲到美国爱荷华州的得梅因定居,高中时就在一个基因治疗实验室实习,全奖进入哈佛大学学习化学和物理学,期间跟随知名华人科学家庄小威做过研究,后来到光遗传学主要发明人之一卡尔·戴瑟罗特(Karl Deisseroth)在斯坦福大学的实验室,参与到光遗传学发明的部分工作。在哈佛大学短暂地停留之后,张锋受聘于博德研究所,一个科研经费和研究人员都可以在美国排到前列的研究机构。

  而在河北科技大学生物科学与工程学院的实验室,“离心机是‘飞鸽’牌,与国内自行车品牌相同,从0加速到12000转大概需要1分钟的时间,”韩春雨不无幽默地说。

  直到今天,韩春雨所在的的生物科学与工程学院还没有博士点,韩春雨实验室的学生都是硕士研究生。理论上,韩春雨每年可以招五六个硕士研究生,但是真正能够跟他一起专注科研的,也只有一两个人。

  包括《自然生物技术》的这篇论文,跟韩春雨一起做实验的一共三个人,其中第一作者高峰两年前就从河北科技大学硕士毕业,那时NgAgo的主要结果刚刚做出来,高峰没去找工作,也没有申请博士,而是留在导师韩春雨的实验室继续工作,为了省钱,甚至睡觉都在实验室。这一情景与韩春雨当年博士毕业后留在协和继续未完成的科研工作有着惊人的相似。

  “韩实验室的工作是很了不起的,”北京大学生命科学学院饶毅实验室研究生张翼评论说,“他们唯一的生物信息学工具可能是NCBI-psiBLAST,他们的Argonaute都是从菌种库买来的菌里面克隆出来,根本没有花钱合成基因。”即使是在这么艰难的工作环境下,他们不仅找到了NBT文章中报道的NgAgo,还找到了(他们专利里报道的)一大堆别的Ago,都具有在低温(10-50摄氏度)下结合5p-ssDNA,造成靶DNA双链断裂的能力。

  很多人对韩春雨能够在如此简陋的环境下取得开创性的工作感到惊讶,但是他的大学同学、河北师范大学特聘教授徐小冬告诉《知识分子》,她对韩春雨能够做出现在的工作一点也不感到奇怪,虽然韩春雨没有海外留学经历,但是也受到了很好的专业科学训练,她认为,对一个受过专业科学训练的科研工作者来说,占用资源的多少并不会决定他是否能够做出很好的工作。

  “他这个人蛮有个性,从来不是那种循规蹈矩的人,他能够坚持一些东西,守着自己的一亩三分地,也敢于表达自己,挑战威权……投稿能够较这么长时间的劲,说明对自己的工作很有自信。”徐小冬说。

  如今,面临四面八方涌来的合作邀请,韩春雨统统交给沈啸来处理。“他见识广,也是一个好的合作者……我主要在实验室干活,而且我也喜欢这样的生活。”韩春雨说。

(责任编辑:泉水)
------分隔线----------------------------
发表评论
请自觉遵守互联网相关的政策法规,严禁发布色情、暴力、反动的言论。
评价:
表情:
用户名: 验证码:点击我更换图片
推荐内容